各地为深入推进“放管服”转变政府职能，将行政服务中心建设成行政审批局的活动如火如荼。行政审批局可以克服现阶段行政服务中心的一些问题，更好实行“一枚印章管审批”。然而，行政审批局并不是完美的。相关组织法律的缺位、“放管服”改革不到位、资源配置与责任承担等问题，成为了行政审批局面临的建设性难题。
（一）相关组织法律的缺位
合法性原则是法治政府建设和从事活动的基本要求。无论从行政审批局的职责职权、人员编制、公务员管理和机构设置，还是从行政审批局涉及到各种内外部关系来看，这些都是行政许可中的重大问题，应当做到依法进行。现阶段地方行政审批局的设立普遍是在缺乏行政组织法律规定的状态下进行的，单单依靠政府出台的指导性意见是缺乏法理性依据的，政府行为在一定意义上加速行政审批局在短时间内如雨后春笋般出现，但由于缺乏有效的制度保障和法律依据可以看作是违背了行政机构设置的行政组织法定原则的基本原则。我国目前行政审批局的成立、运行及管理主要依据的是《行政许可法》第二十六条关于集中办理的规定。根据我国《行政许可法》第二十六条的规定，行政许可如果需要行政机关组成部门的多个机构办理的，那么此行政机关就应该确定某一个机构来统一接收行政许可方面的申请，并由它统一送达行政许可的决定。当出现行政许可依法应当由地方人民政府两个以上部门分别实施的情况时，本级人民政府也可以确定由某一个部门统一受理行政许可的申请，然后转告相关部门分别提出意见后进行统一办理，或者组织相关部门进行联合办理、集中办理。这里关键是对集中办理的理解，“集中办理”为行政审批局提供了一定的法律来源。集中办理的最大特点是多个行政审批部门集中办公的一种方式，此种规定就赋予给行政审批局协调多部门行政许可事项的权力。但是关于行政审批局其他重要的事项比如哪些行政部门及其事项应当纳入行政审批局统一办理，却缺乏相应法律法规的规定，导致各地陆续出现的行政审批局管理乱象层出不穷，并没有达到从行政服务中心升级到常设性行政机构的目的，没有实质性的进步，这是亟待需要从立法层面解决的问题。
（二）“放管服”改革不到位
“放管服”改革可以说是对于行政审批局的工作做出了具体要求和助力。作为牵一发而动全身的“放管服”改革，一方面涉及深化机构改革调整和职能优化配置，另一方面涉及行政管理模式的重新塑造和工作方式的转变。自十八大提出深化简政放权要求以来，行政审批局和行政服务中心作为“放管服”改革的重要平台，在优化服务、简化流程、协调职能等方面获得了巨大的成就，更好地为市场经济和群众服务。但是不可否认的是，实践中，“放管服”改革在工作方式和管理制度方面却没有深刻的变革，大多举措只是流于表面和形式。改革并没有恰到好处，从以下几个方面可见一斑。其一，许多简政放权措施虽然从文件和通告上已经面世出台但是始终没有落到实处。比如，对于某些办理事项，个别不同部门之间的要求和标准互为前置措施，以致出现人民群众办事更为繁杂，反而要多跑几次腿。另外，相当一部分审批事项的各种程序环节、审批材料依然没有得到真正地缩减。从审批周期来看，时限虽然有所缩短，但仍然较长，不能合理地适应市场经济的发展。其二，表现在机构职能转变缺乏沟通和配合。比如，一些事务涉及到多个不同部门的审批权限时候，往往出现这个部门放权，但是那个部门却依然紧紧抓在手里的现象。还有就是涉及多个不同环节的审批事项时候，往往出现大部分环节放权，但是个别关键环节却依然抓住不放的看似怪诞的现象。其三，出现权力下放方向有所偏差的现象。比如，一些需要下放到市场和社会中的项目，只是在政府内部下放而没有向外下放。还有一些需要政府继续承担责任的权力，反而直接下放给市场主体或社会组织，出现将自身应负担责任抛开不担的现象。由此可见，简政放权、职能转变、下放权力构成一个完整的体系。如果体系上不协调、不一致的话，那必然导致改革和张弛无度而难以真正推进。由此，地方行政审批局在加强监管和创新监管方式、加快监管体制创新方面上也没能做到位，承担起该承担的责任。许多行政审批局对于相当一部分应该取消以及下放的事项缺乏监管，同时在提高审批效率、优化审批服务等方面还存在很多问题，毋庸置疑这样不利于激发市场和社会的活力。
（三）资源配置与责任承担的问题
我国行政审批局作为行政构造布局系统的一部分，它的成长建立在对已有行政资源从头分别整合的根本之上。从横向上来看，行政审批局和政府其他行政许可职能部门是同一级别，即在行政级别和法律地位上是完全平行平等的关系。虽然行政审批局对于其他行政职能部门在实施行政许可审批事项上有一定协调权，但这只是行政部门职能定位和性质使然，并不能改变它们相互之间的关系。显然，由于政府掌握的资源具有稀缺性，必然就带来了行政审批局与其他政府部门之间在资源配上的“竞争关系”，如何去划分有限的“蛋糕”成为行政审批局进一步发展的问题。现实中，从本部门自身利益考虑和对政府职能改革理念的理解不到位，很多政府职能部门主观上不乐意将原本属于本单位的专属部分职权交给行政审批局来行使，就导致行政审批局在管理权限方面仍然实际存在着“天生”缺陷。纵观世界其他国家在政府实行“一站式”服务改革的过程中不可避免地要削减它们的权限范围而触动部门自身利益时，引发政府部门内部的管理权限之争是经常见到的。从纵向上来看，我国目前的行政机构体系纵向上可以分为省、市、区（县）、乡镇四级。但是作为行政常设性机构的行政审批局现在却面临着尴尬的局面。以河北省为例，省一级没有设置行政审批局或厅，仅在网络平台上设有河北省政务服务网，实则还是将事务划分到各市县。仅就整个体系的纵向结构来看，当前河北省各地的行政审批局都是仅限在市和区县两级设立的。乡镇一级没有行政审批单位甚至都没有行政服务中心场所。所以导致在省一级层面缺乏统筹领导的行政审批机构，乡镇没有行政审批机构。现在市县行政审批权力还没有实现真正的权力下移，就出现行政审批局纵向间资源流通不畅，实践中，乡镇政府相关机构只能起到代办作用，多数许可服务项目的办理仍需区（县）级以上的行政审批局方能办理，可以明显看出，行政审批局的运行保留了我国行政机构纵向沟通中“从上而下”的传统，而这恰恰与行政审批局“从下而上”的产生发展以及行政审批服务群众的初心相左，从而造成宝贵的行政资源的浪费。
当行政部门之间利益重新整合，行政审批局协调部门之间事宜并作出审批结果并加盖行政审批局印章后，产生的责任是由涉及到的部门承担还是由行政审批局自身承担，亦或是两者共担责任，如何设计责任承担也同样考验着行政审批局的前景。实践中出现多起行政纠纷是因某个行政部门许可审批失误而造成的，但最后的审批统一许可是以行政审批局的名义作出，这样就会出现行政诉讼当事人的问题，会导致行政审批局与相关部门的争议和矛盾。这样就产生了集中审批与职能分工之间的紧张状况。