1.高校自主招生政策存在局限性
我国的自主招生制度开始于2003年，并在22所高校进行试点。据中国自主招生网统计数据知，2015年，有93所高校加入了自主招生的行列，到2017年，就有了90所试点高校，其中有77所面向全国招生。2010年7月29日公布了《国家中长期教育改革和发展规划纲要（2010—2020年）》。在考试招生制度改革方面，《教育规划纲要》提出：以考试招生制度改革为突破口，推进素质教育实施和创新人才培养。在优化高校招生制度改革方面，自主招生是一个非常可取的措施，也是选拔优秀人才的一个重要渠道。自主招生使得高校的自主权得以实现，也体现了高校招生选拔制度由“单一化”向“多元化”的转变。高校自主招生的实施方式是中央统一领导、地方分散办理相结合。但是国家制定的有关自主招生的政策存在很大的限制性。根据教育部的相关要求，高校自主招生人数不能超过试点学校年度本科招生计划总数的5%，这就在很大程度上限制了参加和通过自主招生考试的人数。除此之外，自主招生的主要对象也有一定的限制，要求必须是有显著特长的和综合素质特别高的学生。从表面上看，自主招生的实施给予了人才“绿色通道”，促进了他们更好地发展，但是从实际上来说，能够得到这个机会的人才少之又少，绝大部分还是属于高考大军的行列，最终的结果是由于种种的限制条件，导致自主招生的效果与人们的期望产生了很大差距，高校也并没能真正选拔出优秀人才。
2.高校人才选拔重于人才选择
随着社会经济政治文化和科技等方面的发展，培养创新型人才的任务越来越重要，国家所需要的也不再是只掌握书本知识的人，而是具有创新意识和创新思维的社会新人。目前我国大多数高校普遍存在的问题是把人才的选拔看得比人才选择重要，换言之，也就是高校重视学生对知识的记忆，忽视对学生能力的考核。高校招生选拔考试，目的在于考查学生是否具有自主学习能力，是否具有对大学专业知识的学习掌握和应用能力，关注点在于学生的个人特性是否与所学专业想匹配，对学生选择适合自己的专业和院校提供必要的帮助。当今社会所需要的是具有综合性思维和综合能力的人才，需要的是学校和学生之间的双向选择关系，学校选择自己所需要类型的学生，学生也要选择自己感兴趣的学校和专业进行学习；遗憾的是，对学生而言，检测学生学习能力和学习效果的指标就是高中的会考成绩，然而，我国高校选拔人才一直采用类似于会考的方式，采用“千军万马过独木桥”的模式，把重点放在选拔人才上，而不是通过灵活多样的方式双向选择人才，这不利于对创新型人才的培养，更不利于学生想象力、观察力和思维力的提升。
3.高校招生选拔方式存在不公平性
目前我国高校普遍采取的是统一考试、统一录取的招生选拔方式，这否定了考生的自由选择权，忽视了考生的个体差异，只通过高考成绩这一个衡量标准进行人才选拔，虽然可以在一定程度上体现相对公平，但并不能全面考查学生的能力，导致优秀人才因考试失利而失去了获得更高层次的教育的机会。除此之外，招生指标和分数线的设定也存在严重的地域不公平。目前，国家给予高校的招生指标是按照地域人口数进行分配的，因此导致大城市的招生人数明显比普通城市的多，录取分数线的设定也存在很大的地域倾斜，从而导致不同地域之间存在着巨大的差距。在这种情况下，北京、上海等城市对户口在当地的学生在成绩上给予了很大的优惠政策，这就给外市学生考入该城市的名校带来了不小的竞争力，这种地域差距招生制度对于不同地域的生源来说，是不公平的。另外，我国各省的分数线也存在很大的差距，教育大省和经济发展较好的地域分数线普遍比其他地域的分数线高，这就存在了地域歧视以及对学生成绩来说不公平的现象。
4.高考的科目设置存在不合理现象
现阶段我国高考采用的是“3+X”的考试模式。其中，“3” 指的是语文、数学、外语三门主科，“X”指的是历史、地理、政治、物理、化学、生物等不同文理科科目的组合。虽然这种“3+X”的考试模式在一定程度上体现了对学生综合能力的考查，但是仍然存在着一系列问题。第一，综合能力考试与中学教育的单科学习模式存在冲突。中学时期采用的都是单科教育的模式，主要培养学生对各类单独学科的学习能力。而中学与高中的教育是衔接在一起的，习惯了中学时期的单科学习模式，缺少综合性思维，迈入高中的课堂后难免会不适应“3+X”的学习模式，导致学生成绩不能很好地体现出来。事实上，高中的综合学习方式的掌握应该建立在中学所学到的知识和掌握的综合能力的基础上，但是现阶段的中学和高中的学习模式并没有很好地体现出这一点，这就说明了高中采取的综合能力考试与中学的单科教育模式存在着一定的冲突。第二，在交叉学科方面，多年来好多学者都在研究“X”到底代表着各学科的综合还是各学科单纯地出现在同一张试卷中的问题。在学科内容上，历史、地理、政治等与文科相关的学科之间联系比较大，两者或两者以上的学科知识都有相互交融的部分，而物理、化学、生物等理科类学科之间的联系就相对来说非常少了，一般都是各学科有其自己的知识领域和内容。这就导致文科综合的试卷中综合性的内容较多，而理科综合试卷中总是出现单个学科的知识点，不利于对学生综合能力的考查和培养。