1、学科决策组织化程度低
学科是知识形态和组织形态的统一体，学科的组织化是学科知识体系健康发展的内在需求和外在保障，同时也要求学科重大事务的决策必须在学科组织的框架内，经由学科组织认可的主体和程序来开展，这是学科治理科学化的基本内涵与内在要求。然而，很多地方高校由于制度、文化、学科底蕴等方面的原因，学科重大事务的决定权往往掌握在少数身居多重身份的所谓“官学一体”者手中，只有极少数无关痛痒的“小事”会发扬学术民主精神。更为严重的是以此“民主”的表象掩盖“学术独裁”的实质，以此为据，绝大多数学术资源被少数人垄断得以“合规化”，这种决策的低组织化，严重违背了学科治理的要义与学术民主精神，对于学科团队普通成员积极性打击是致命性的。
　 2、学科团队的边缘化
学科知识体系构建及发展，学术大师、学科带头人等学术领域内领军人物的的学术推动及其重要，同时不能忽视全体教师的学术生产性劳动和学科核心团队的主体作用。但遗憾的是，地方院校由于种种原因，学科团队往往“纸面化”，很多所谓的学科团队，都是人为拼凑而成，目的性特别明显——学科项目申报。其所谓的学科团队成员无论是在项目决策还是在项目研究中，基本上“说不上话，出不了力”，边缘化甚至虚幻化现象十分严重。
3、学科资源配置的个人化
在我国，虽然高等教育改革历经多年，也取得了一定成就，但是，高校普遍存在一现象——高度行政化，地方院校尤甚！基于此原因，地方院校学科资源配置行政化色彩浓厚，尤其是在行政领导兼任学术带头人这一情形下，学科治理尤其是学科资源配置的行政化几乎是必然的制度安排。所谓学科资源个人化，指本该在学科治理框架下进行的学科资源配置因学术带头人“特殊身份”而导致资源配置的“利己”现象。这一现象，产生的后果就是学科资源配置的畸形，产生的效果远低于预期。