“办好思想政治理论课，最根本的是要全面贯彻党的教育方针，解决好培养什么人、怎样培养人、为谁培养人这个根本问题。”“纲要”课教学的“头重脚轻”问题，将会影响“纲要”教材内容与理论体系的完整性，将会影响立德树人的教育功能和党的教育方针。其不利之影响主要有四个方面：
1、割裂了中国近代史与现代史之间的联系性。“历史是从昨天走到今天再走到明天，历史的联系不能割裂，人们总是在继承前人的基础上向前发展的。”“头重脚轻”的问题，实际上就是人为地割裂了近现代史之间的历史联系与逻辑顺序，割裂了中国共产党的革命史与建设史之间的联系，割裂了历史与现在以及未来之间的联系，无法让大学生“加深对近现代中国国情和中国社会发展规律的认识”，无法“认识党的光荣伟大”；因此，也不能真正的为党和社会主义事业培养接班人与建设者。
2、割裂了近现代中国两大历史任务的辩证性。近现代中国所面临的民族矛盾与阶级矛盾决定了中华民族所面临着的历史任务：1840-1949年间，由于资本-帝国主义的侵略与殖民，中华民族亟需救亡图存，完成民族独立，人民解放；1949至今，由于连年的战争与西方列强的劫掠，中华民族亟需发展经济，完成国家富强，人民富裕。“这两个历史任务相互衔接，前者是后者的基础。”完成两大历史任务的过程，实际上也是中国民族从沉沦到崛起的伟大复兴过程。因此，十八大以来，“实现中华民族的伟大复兴”就被确立为近现代中国历史发展的主题，也是“纲要”教材内容的主题。“头重脚轻”的问题，从教材内容来看，只是讲授了第一项历史任务的实现与完成，第二项历史任务却没有提及或者让大学生充分理解与感受，中国共产党如何带领全国人民从站起来到富起来的历史发展。因此，大学生就无法完整理解近现代中国历史发展的主题，无法完整把握两大历史任务之间的辩证关系，无法理解实现民族复兴的中国梦之重要性。
3、割裂了历史与人民的“四个选择”之间逻辑性。1840-1945年间，中国民族面对外来的侵略与殖民，以魏源、郑观应、康有为、梁启超、严复、孙中山、陈独秀、李大钊、毛泽东等为代表的中国先进分子，一直在不断探索中国的国民与民族出路，曾屡遭挫折与失败。面对这一时期纷繁的思想，究竟何种思想能够指导中国革命，指导中国人民；究竟何种政党能够领导中国革命，带领中国人民完成彻底的反帝反封建的双重历史使命？经过甄别与比较，中国历史与人民选择了马克思主义成为了中国无产阶级翻身闹解放的指导思想，中国共产党成为了带领中华民族实现伟大复兴的领导者。这两大选择体现出前者是后者的理论指导与思想源泉，后者是前者的实践、继承与创新。在此基础上，中国革命才会取得胜利，中华民族才得以实现第一项历史任务，新生的人民共和国才能走上社会主义道路，实行公有制为基础的社会主义制度。经过“大跃进”以及“文化大革命”等“左”倾错误后，以邓小平为核心的中共第二代中央领导集体着力解决“什么是社会主义，怎样建设社会”这一人类历史上崭新的命题，进而产生了第四个选择——改革开放。可见，四个选择分别是指导思想、领导政党、革命目的，如何建设，四者之间具有层层推进，互为因果，紧密相连，不可分割的逻辑关系。如今，“纲要”教学中，有些教师少讲或者是不讲下编内容，就无法理解从最初的“帮助学生了解国史、国情，深刻领会历史与人民怎样选择了马克思主义，选择了中国共产党，选择了社会主义道路”，逐渐发展出“选择改革开放”的理论发展，无法真正理解“四个选择”之严密、科学、系统的理论表述。
4、割裂了马克思主义中国化理论成果之间统一性。自20世纪初，马克思主义传入中国并成为中国共产党的指导思想后，近百年来中国共产党几代中央领导集体不断致力于马克思主义中国化的伟大工程，围绕着中国特色社会主义、中国特色工人阶级政党、中国特色发展观进行了一系列的探索与创新，创造出符合中国实际的毛泽东思想和中国特色社会主义理论体系。“中国特色社会主义，承载着几代中国共产党人的理想和探索，寄托着无数仁人志士的夙愿和期盼，凝聚着亿万人民的奋斗和牺牲，是近代以来中国社会发展的必然选择，是发展中国、稳定中国的必由之路。”但是，“纲要”的“头重脚轻”问题，割裂了马克思主义中国化的理论成果在其内涵、核心要义以及目标指向的统一性，割裂了马克思主义中国理论成果的“进教材、进课堂、进头脑”之间的联系。