国家级科研院所特别是产品研发类科研院所，因其分支机构多，体量大，经费充足，科研力量雄厚，内控信息化工作一直走在科研院所的前列，如中国科学院早在2002年就启动了ARP系统，航天十一院也在2013年实施财务管控系统，两者的叫法不同，但实质都是将各自的内控工作和信息化建设有机结合起来，较好地实现了内控信息化的嵌入。而地方科研院所，尤其是省级公益类科研院所，经过多年的体制改革, 财政保障不足，以基础研究或公益应用性研究为主的项目经费主要来源于地方政府，在自负盈亏的体制下，没有足够的资金建设综合性信息化系统，一般都是零敲碎打，引进部分管理软件，如OA办公系统、会计核算软件、项目管理系统等；另一方面，省级科研院所注重对各自行业研究领域高端人才的培养和引进，对信息化建设和管理人才的培养缺乏，信息化基础薄弱，没有足够的人力资源支撑信息化建设，所以一直以来省级科研院所的信息化建设较为落后。
随着《行政事业单位内部控制规范》的实施，各级财政以及主管部门对此非常重视，在行政事业单位掀起了一股“内控制度建设潮”，科研院所作为事业单位的的一分子，内控体系建设也得到了进一步加强。但即使有较为完善的内控体系，但没有信息系统支撑，经济活动就会出现分块管理、信息不能共享的局面，制度执行就会出现主观性和随意性，内控体系失去其建设的意义。
目前部分省份推行省级财政核算云平台，但它只是从会计核算层面解决了与国库支付系统的对接问题，减轻了全额拨款单位会计人员核算工作量，但作为财政保障比例偏低的科研院所，还有大量自筹资金业务需手工输入；缺乏业务流程和管理流程，形成一个新的信息孤岛局面。因此地方科研院所有必要建立一套适合自身的内控信息化平台与之对接。