笔者认为，地方科研院所开始实施内控信息化建设并不是越复杂越好，片面追求系统的“洋、大、全”并不可取，应结合自身实力，综合考虑业务的处理量和需求，处理好成本与收益的关系。经济活动简单、科研业务量不大、现有信息化管理程度不高的科研院所，可以直接购买市场相对成熟、简单的内控管理软件稍加开发即可；对于已有部分管理软件在应用的科研院所，建议以现有使用较为顺畅的某一系统为主，评估其他系统是否可以开发统一的数据接口，将分散在各部门的管理软件有效集成，充分利用现有数据，实现互通互利，对缺少的管理模块进行二次开发，利用财务报销系统将所有经济活动和财务管理串联起来，统一界面，将多点登录集中为单点登录，形成自己的内控信息系统；对于一些市场化程度较高、科研业务量大、经济活动复杂、现有管理软件集成有难度的院所，可以另行开发一套满足自身管理需求且符合内控要求的信息化系统。
科研院所的主要任务是开展科学研究活动，各项经济活动围绕科研项目展开，因此笔者认为，在内控信息化系统建设时，首先应按照内控要求，抓住经济活动的源头，以预算管理为主线，以项目管理为中心，再根据全面性、重要性、制衡性和适应性原则，集财务管理、业务处理和流程管控为一体，实现经济活动和业务活动的综合管理，提高内部控制效率。
首先分析科研院所内部对信息化系统的需求，围绕预算管理主线展开经济活动的需求设计，建立全面预算管理机制，实行全口径和全过程预算管理，既有总预算控制又有单个项目预算控制。其次从内控风险评估入手，对现有制度进行全面梳理，排查现有管理模式下的种种风险，并据以制（修）订相关管理制度。再次重新梳理业务流程，优化业务办理程序，对关键岗位明确职责范围和分工，确保不相容岗位相互分离，完善审批权限，根据科研院所管理特点，实行业务部门和财务部门共同审核机制，形成相互制约的内控体系。