（一）合伙人间应纳税所得额分配的问题
有限合伙股权基金收入主要分为股息、红利收入及股权转让所得，其中股息、红利收入不纳入合伙企业经营所得，由各合伙人直接穿透计算缴纳。有限合伙股权基金作为单一目的投资主体，经营收入主要来源于股权转让收入，扣除投资成本、管理费、托管费及前期尽调费用、审计费等其他零星费用后为合伙企业经营所得应纳税所得额，按比例分配给合伙人按纳税年度申报缴纳所得税。在实际操作中有限合伙股权基金通常存在嵌套式及分层结构设计，每一纳税期分配应纳税所得额时需按照收益分配方式穿透计算至每一最终合伙人，具有一定的复杂性。同时基金设计时同一期基金不同项目间存在收益回拨机制，不同项目的退出收益率影响合伙人最终收益水平。各级合伙人在单一项目退出时按照收益分配约定方式分配的应纳税所得额可能存在与最终结算时不一致的情况。例如：假设某基金A项目退出盈利，劣后级LP和GP按照合伙协议约定留存A项目收益20%弥补后续项目可能出现的亏损。按照税法相关规定，该纳税期间各合伙人按照合伙协议收益分配计算方式全额分配应纳税所得额。当下一纳税年度B项目亏损退出，A项目留存收益用于弥补B项目亏损的优先级本金及收益，优先级LP对项目收益需要申报缴纳所得税。由此可见，合伙企业内二次分配导致不同合伙人对A项目预留已完税的应纳税所得额部分进行了重复申报缴纳，增加了合伙企业合伙人整体税负，同时大幅增加劣后级LP和GP的税负。
若有限合伙股权投资基金符合创投企业税收优惠政策条件，并选择按照单一投资基金核算时，根据规定，单一投资基金发生的投资基金管理人的管理费和业绩报酬在内的其他支出不得在核算时扣除。则个人LP按照从基金中分得的未扣除管理费及业绩报酬的股权转让所得计算的应纳税所得额缴纳20%个人所得税，GP收到管理费及业绩报酬时仍需另行申报纳税，涉及重复征税的问题。
（二）有限合伙股权基金应纳税所得额弥补亏损的问题
根据政策规定：（1）合伙企业年度经营亏损允许用本企业以后5个纳税年度内的生产经营所得弥补。实务操作中有限合伙股权基金通常先退出盈利项目，亏损项目待基金存续期将满退出。由此造成合伙人前期盈利项目已缴纳所得税后期亏损无应纳税所得额补亏的问题，从而增加合伙人整体税负。（2）个人投资者投资两个及以上合伙企业的，合伙企业的年度经营亏损不能跨企业弥补。这一规定意味着个人投资者同时投向的多个有限合伙股权基金在同一纳税年度实现的盈利和亏损无法抵消，个人投资者需要就盈利部分缴纳个人所得税，打击个人投资者同时参与多个有限合伙股权基金投资的积极性。（3）法人和其他组织合伙人不得用合伙企业亏损抵减自身盈利。对于法人LP而言，投资有限合伙股权基金与买卖股票、债券，转让其他金融产品等业务性质相同，属于资本利得或损失。根据《企业所得税法》相关规定，上述投资实际交易中产生的损失可以抵减应纳税所得额，而合伙企业损失不能抵减自身盈利的规定在一定程度上不利于机构投资者通过合伙制基金投资。
（三）个人合伙人所得税适用税率的问题
1.LP和GP同等税收待遇对LP造成税负不公。有限合伙制私募股权投资基金中GP通常出资少量资金跟投项目，GP作为合伙企业实际管理者参与合伙企业的从设立到退出清算等所有环节，除收取管理费外，当项目达到约定收益时可以对超额收益计提业绩报酬，跟投项目获得的股权转让所得占GP总体收益比例较小。综上所述GP获得的大部分收益是对项目发掘、管理等劳动付出的肯定而非资本利得，对个人GP业绩报酬所得应按照“经营所得”缴纳个人所得税。LP作为资金方享有合伙企业份额收益权，不参与合伙企业经营管理，项目退出时被动获得资金增值收益，该收益性质更接近于转让财产所得而非经营所得。现行财税政策规定，除单一投资基金核算的创投企业个人合伙人从该基金应分得的股权转让所得和股息红利所得，按照20%税率计算缴纳个人所得税外，个人合伙人股权转让所得按照“经营所得”实行5%-35%超额累进税率征税，LP收益与GP收益享受同等税收待遇对LP而言形成税负不公。
2.不同地区政策制定标准和执行口径不统一。目前，北京、天津、上海、哈尔滨等地为促进股权投资基金业发展，以政府或金融办文件形式规定个人合伙人从合伙企业取得的股权转让收益部分，按照“财产转让所得”项目计征20%个人所得税。其他无鼓励优惠政策地区执行5%-35%超额累进税率征税。由于各地政策制定标准与执行口径不统一，造成不同地区设立的有限合伙股权基金个人合伙人税负水平波动较大，有损税收公平原则。
3.个人投资者通过合伙企业投资整体税负高于个人直接投资。个人投资者直接投向被投资企业股权与通过合伙企业投资获得的股息、红利所得适用税率相同，均按照20%税率缴纳个人所得税。个人投资者直接进行股权投资时，股权转让所得按照财产转让所得20%缴纳个人所得税，个人投资者通过合伙企业投资时最高所得税率35%。当个人投资者分得的应纳税所得额超过50万时，按照35%税率缴纳所得税，较直接投资税率增加15%，个人投资者通过合伙企业进行股权投资税收负担严重高于其直接投资。