我国鲜活农产品冷链运输设备落后，制约鲜活农产品流通的发展。我国农村基础设施覆盖面积有所增加，流通设施得到一定改善，但目前农村基础设施过分注重“量”的增加，而忽视了“质”的提高。十八大以来，我国农村道路增加127.5万公里，但道路硬化，安全隐患较大，距离“四好农村路”有一定差距。另外，我国的冷藏设备虽然有所增长，但总体缺乏，设备落后，缺少连接产销的完整的冷链物流体系。美国等发达国家的生鲜农产品冷链运输率达到100%，而我国果蔬，肉类和水产品的冷藏运输率分别为35%、57%、69%，远远低于发达国家水平。2018年，我国冷链物流总收入为2987亿元，同比增长24.46%，冷藏车保有量16.6万辆，同比增长23.9%，冷链物流仓规模达到5200万吨，同比增长8.9%。但是，2018年，我国生鲜农产品产量达到13.28亿吨，对冷链物流的需求大于供给。
其二，我国农产品流环节多、鲜活在途农产品损耗率高。传统的农产品流通模式主要分为五种：以批发市场为主导的“农户—农民合作社—批发市场—零售商贩”模式，以龙头企业为主导的“农户—龙头企业—零售商”模式，农超对接模式，产地直销模式和“网上供销社”。其中，在互联网+背景下，鲜活农产品“网上供销社”模式日益盛行，通过互联网下订单，连接鲜活农产品供给和需求。鲜活农产品流通的范围有所扩大，跨地域、跨空间，经过多个流通环节才能抵达消费端，加之冷链运输率较低，使得农产品损耗率居高不下，高达20%。另外，每多经过一个流通环节，鲜活农产品价格平均提高5%-10%，农产品高价格会减少销量，进一步增加鲜活农产品的损耗。
其三，供需信息不对称降低鲜活农产品流通效率。鲜活农产品是具有自然属性的产品，具有繁多和稳定的品类，并且鲜活农产品具有易腐易坏的特性，供需不对称会使得鲜活农产品供给过剩或不足，进而导致鲜活农产品无谓损耗。另一方面，鲜活农产品消费者的消费偏好差异很大，且消费量小，这给鲜活农产品流通带来了挑战。种植农户和鲜活农产品消费者之间缺乏有效及时的信息交换渠道，容易形成信息孤岛，从而导致农产品流通供应链不畅通，农产品生产不稳定，容易出现“农产品价格上涨—跟风种植—供大于求—农产品价格下降—种植减少”的价格大幅波动现象，如：“蒜你狠”“姜你军”等价格非理性波动。
其四，鲜活农产品流通的上下游企业互动少，组织化程度低。鲜活农产品具有易腐败的特点，要求农产品流通过程更加高效流畅，因此要求鲜活农产品流通产业链高度组织化。我国鲜活农产品流通企业数量多、规模小、市场集中度低，小规模的批发商，经销商，零售商仍然占有主导地位，组织化程度低，具有“自营为主、抗风险能力弱”的特征。虽然2017年，我国恢复基层供销社一万多家，登记在册的农民合作社达到196.9万家，但是当前农民合作社和基层供销社缺乏上下游协调能力，管理松散，运营管理能力较弱，缺乏推动长期合作的能力。鲜活农产品流通产业链之间协调能力不足，无法通过鲜活农产品产业链间的资源整合减少流通环节，降低流通成本。