精神实体的存在问题是龙华民报告的核心，龙华民撰写这份报告的主要目的就是要为自己的判断——中国人是无神论异教徒进行辩护。而他的辩护主要有两条逻辑进路，第一，通过对理学宇宙论的考察，论证作为世界创造者的“理”只是第一元初物（materia prima），而非精神实体。这就在本原上否定精神实体的存在，为后面否定鬼神为精神实体提供了本体上的支撑。第二，通过对鬼神论考察，论证中国的鬼神只是“气”，是具有精神性属性的物质（materia proxima），而非精神实体本身。这就从本质属性层面否定了儒学中最接近精神存在的鬼神是独立的精神实体。既然没有精神实体的存在，也就表明中国没有西方神学意义的神存在，所以，他认为中国儒者都是无神论者异教徒。其中，第二条是最主要的论证点，第一条服务于后者，他的篇章安排可以佐证这一点。第一章至第三章是背景介绍和文献依据的说明；第四章简要说明儒家哲学的方法；第五章详细介绍先天学即宇宙万物如何创造，并有自己的诠释；第六章至第九章简要介绍万物的生成与毁灭与万物一体说，各章篇幅都较短；第十章做出中国人不知道独立的精神实体存在的判断，起了承上启下的作用；第十一章详细综述和评述理学鬼神观，也兼论“理”、“气”与“鬼神”的关系；第十二章详细引述《性理大全》卷28理学家的鬼神论；第十三章详细说明世界本原是“理”或“太极”，鬼神最终回归于理，多直接引述《性理大全》卷26的“太极”部分，第十四章综述“理”的各种说法或属性从而表明它不是精神实体，第十五章介绍理学的生死观与灵魂观，部分直接引自卷26和卷28；第十六章得出中国儒者是无神论的结论；第十七章详细记述与非教徒儒士和教徒儒士讨论鬼神、天主、死后灵魂等问题的对话，揭露他们的鬼神观，从而印证他的观点。本文主要关注于报告中第十章至第十六章的内容。笔者将按讨论的问题分类考察龙华民对理学鬼神思想的理解与诠释。
（一）理、气与鬼神的关系
鬼神从何而来是龙华民首先关注的问题，他先综述前面章节中提到的理学宇宙论的主要思想。
世间万物都由“太极”创造和演化而来，也就是元初之“气”，“太极”自身也包含于宇宙本原“理”中，“理”和次元质 “气”融为一体，始终不可分离。 “理”也流溢出五德即仁、义、礼、智、信和其它精神物，同样“理”和“气”产生五行和其它有形事物。故中国人的自然与道德来源于同一个“理”；“理”本身不创造世界，而是以“气”的形式生成万物， “气”才是其生成过程中的执行者和控制者，就像是“理”的工具和形式；世界在有限之年会终结，宇宙要毁灭，一切将回归于原初状态，唯有纯粹的“理”和“气”存在，它将开启世界的下一轮创造。在这样一个宇宙论体系中，宇宙万物都由“太极”创造，因此鬼神也是由“理气”而来，且终究要和宇宙一起毁灭，一起回到原初“理”的状态，“理”才是万物本原，是比鬼神更高的永恒的存在。“理”不仅是万物本体，还有许多其它的功用。
中国人设想‘理’是一个充盈和掌管整个宇宙的普遍实体，是心性和自然之道或太极，包含并存在于万物之中……,总之中国人认为没有任何东西能超越“理”。既然“理”如此伟大，为何他们不祭拜“理”呢？他们回答说，祭祀是为了更好的管理民众，向可见事物如天神、地神、山神等祭祀让民众更好理解和接受。中国民众不祭拜“太极”也是遵从孔子之道，大儒士们认为自己并不认可这种祭祀，这只是一种政治仪式。那这个“理”是否与天主教中的“Deus”有相似之处呢？龙华民认为：
不能被表面的名称所期骗，尽管“理”被赋予很多完美的性质，但也有许多不完美的属性，它不能自存，而依赖气共存；它是一个无生命、无意志、无理性的愚钝物；它无主动性，只能凭“气”而动。中国人并不崇拜“理”或“太极”，也不祭祀它，他们认为，宗教崇拜并不以不可见事物为对象。基于这些内容，我们可以做一个极为重要的推断，中国儒者或者是非常愚昧，或者是创造了一种世俗向外的宗教，而不考虑内在超越性，因为如果“理”或“太极”没有神性，那作为“太极”产物的“天”也没有神性，那作为上天运行德性的“上帝”也没有，其它更低层次属于山川等的鬼神更没有神性。
在基督神学中，上帝是最高一级的存在，其他万物都由上帝创造，而儒学中“理”才是最高的存在，鬼神由“理气”生成，是次一级的存在。可是中国人偏偏祭拜的不是“理”而是鬼神，而且这个“理”是无智慧、无能力、静态、无生命的东西。这对龙华民来说感到不可理解，所以他以西方的上帝为参照否定了“理”的精神性，从而也否定了鬼神的精神性，那中国人为何要安排“鬼神”的存在呢？龙华民认为主要基于两个因素：
中国人观察到天地有序的运行而想到一定有无形的主宰者或原则统领一切；他们意识到，通过鬼神的认识带来巨大实惠，因此他们认为应该尊重和祭拜鬼神。另外中国在创立之初的尧瞬时期，就有拜神的传统；《尚书·尧典》中的“类于上帝，禋于六宗，望于山川，遍于群神”即是证明。这里龙华民实际想揭露儒家的鬼神是出于联想和功用而设定的，同时也继承了远古时期鬼神之说。这样的鬼神论对他而言显得过于原始，与西方的神学解释不可比拟。
为了进一步把鬼神的精神性降低，龙华民抓住了鬼神是“气”的说法。
古今中国儒士都称这种似乎是精神存在的东西为‘气’，他特别引述了孔子的例子，当孔子被弟子问到鬼神是什么，他回答是“气”。鬼神是气的论述还多次出现在对祭祀的描述，龙华民直接引述了卷二十八的多段内容:
（程子）曰：易説鬼神便是造化也。又问如名山大川能兴云致雨，何也？曰：气之蒸成耳。又问既有祭，则莫须有神否？曰：只气便是神也。；（朱子）鬼神若是无时，古人不如是求七日戒三日齐，或求诸阳或求诸隂，须是见得有，如天子祭天地，定是有个天，有个地；诸侯祭境内名山大川，定是有个名山大川；大夫祭五祀，定是有个门行户灶中霤。今庙宇有灵，底亦是山川之气会聚处，久之被人掘凿损坏，于是不复有灵，亦是这些气过了。
这些段落中都把祭祀中的鬼神当“气”来解释。因此，龙华民得出一个非常直观的结论，“鬼神”是气，也正是基于此他认为：
中国人似乎并不懂得区分于物质的精神实体，如上帝、天使和理性灵魂；他们对于由一个全能的力量从无中创造世界完全无知。他们只知道一种普遍无穷的实体，从中产生“太极”或“元气”，通过运动产生万物。这种实体可分为两部分：有和无。有是指有形实体，可感知。无是指不是那么物质化的实体，如气，不可感知，称之为太无或太坤，是最纯粹、最绝对、最简单、最稀薄的存在物，正如我们所说的精神实体。” 然而龙华民并不认为“气”是一种西方意义上的精神实体。其主要原因在于：它不能单独存在，而是存在于原始气中；它具有所有物质特性和偶性，是万物的存在与基质；中国人称之为“气”，即空气或气状性质，孔子也称之为“气”。
概而言之，龙华民对“理”与“气”与鬼神的关系的诠释，根本目是就是要否定了鬼神的精神实体性，至于这是否合理我们将在下一章作进一步讨论。
（二）鬼神与其他自然物的关系
西方神学中的上帝与其它物质实体是分离的，是更高的存在。因此，龙华民需要从中国文献考察鬼神与其它存在物的区别。然而，他看到的现实是中国人信奉“万物一体”的公理。
对“万物一体”之说龙华民报告中第七章专门进行评述：
他们认为万物一体或是同一种实体，这种观点与古希腊哲学家的同一物质本原说、佛教和道德的万物归一说相似；这些思想最早可追溯巫师琐罗亚斯德和卡尔德安王子，他们将这种永恒的混沌学说传播给全世界。龙华民推断中国的万物一体说可能出自原始的拜火教，这实际上是把中国思想贬低为原始的宗教思想，也间接的说明万物一体说缺少理性根基。另外，龙华民提出：朱子说天的精神体“上帝”与天同一，以此类推，其它鬼神也如此。他还直接引用了“以形体谓之‘天’，以主宰谓之‘帝’，以功用谓之‘鬼神’，以妙用谓之‘神’，以性情谓之‘干’”来说明这些事物本质上一个，差别在于形式与名称。他也指出“《中庸》中说，所有神灵与物质实体不可分，他们终将毁灭”。基于这些理由，龙华民认为中国人崇拜的所有鬼神与自身所处的存在物是同一实体，也就是说万物一体的说法否定了鬼神与其他物本质上的差别。既然鬼神与其它物体同一，那为中国人为何要把鬼神与他物区分呢？针对这一疑问，龙华民解释说：
鬼神的名称意指运营形式，事物的运营由一种超自然的原则指引，这种原则以精神形式来统治事物；而且有时鬼神表示事物的一种独特存在性状，它单一、纯粹、稀薄且非常接近非物质体，这也是自然运作良好和神秘莫测的原因。虽然龙华民看到了“鬼神”具有精神性和理性的一面，但他仍然把理学中的万物同出一个本原简单的理解为万物是由同一基质构成，从而认定鬼神是物质实体。