1、“三医联动”中真正的联动、协同仍有待增强
“三医联动”是在分析我国医疗体制发展规律的基础上，结合中国的具体国情，为解决医改面临的问题提出要求。这一要求贯彻了政府主导医改的基本方针，体现了中央新一轮深化改革中所倡导的整体性、系统性、协同性的改革新思维。“三医联动”的实质 是强调与医疗体制改革紧密相关的医疗、医保、医药领域的改革，在相互独立和互相协调中，形成强大的合力，共同推进我国医疗体制改革向纵深发展。但目前从实际的改革效果来看，改革的成效不高，甚至“三医联动”被人们嘲讽为“联而不动”、“不联乱动”。其制约因素主要在于“单项推进易，多项协同难。医改牵涉到许多领域，如医疗保险、医疗服务和药品供应，其中医疗保险还涉及到政府、参保人与医保机构，是社保体系中最为复杂的项目。因此，“三医联动”必须协同推进才能赢得良好的整体效果。然而，以往实践证明，我国的医疗体制改革只涉及医疗保险，缺少公立医院与医药流通领域的同步改革，参保人的疾病医疗仍然负担沉重，医疗代价仍然高昂，价格居高不下。”因此，从体制机制层面上看，公立医院仍然存在着“以药养医”的现状，医疗中提供服务和药品供应并非完全独立分开。医疗、医保和医疗“三医”并未实现真正的“联动”，改革仍集中在单方面的改革。相较于目前，我国改革“到了‘深水区’、攻坚阶段，面对的都是深层次的体制、机制性问题，以及重大利益格局的调整等等。这些难题只要依靠“三医联动”合力攻关，才能拿下、搞定。”人民群众“看病难”、“看病贵”的根本痼疾并未完全根治。
2、医疗运作的信息化、专业化水平仍有待提高
从实践层面上看，目前我国的参保人群正快速增长、医疗管理业务内容也迅速增长。但是，它仍然受制于参公管理事业单位体制下僵化的用人、激励和经费保障机制的制约，医保经办机构中人员配置不足、专业管理能力不足和管理动力不足等问题日益突出，这已然成为医保经办机构充分履行医疗服务管理支付功能，发挥医疗改革作用的重要制约因素。从制度层面上看，《关于印发深化医药卫生体制改革2018年下半年重点工作任务的通知》也同样提出：推动“互联网+医疗健康”发展，需要推进建设智慧医院和全民健康的信息平台，进而加快推动医疗机构之间实现诊疗信息共享。因此不难看出，无论在医疗实践层面还是医疗政策层面，目前来说，医疗保障和医疗卫生确实表现出巨大的能力不足、动力不足的现实问题。因此，我们需要重视和改进医疗运作的信息化、专业化水平。现阶段，如何促使医疗体系更具有动力、更具效率地履行公共医疗职能，迫在眉睫。
3、医疗资源配置的效率和质量仍有待改进
在医疗保障制度运行过程中引入市场机制和竞争机制，已经成为国际上医疗保障制度改革的重要趋势和未来发展方向。荷兰的医保经办和医疗服务积极推行“注入市场竞争的管理”；英国通过创建内部市场、推动市场主体参与、形成市场机制，进一步推动全民医疗保障体系的市场化改革；在坚持市场主导的前提下，美国通过结盟或合并的形式，实现了医疗保险机构与医疗服务提供者二者之间的一体化，最终将医疗服务机构注入到管理医疗与传统医疗保险公司之间的竞争中。换句话说，在医疗保障领域中，引入市场机制或竞争机制已经成为医疗保障体制改革的国际共识。但是，由于我国生产力发展水平在总体上还不是很高，我国的主要矛盾仍然是人民日益增长的美好生活需要和发展不平衡不充分，人民群众美好生活的需要体现在此就是“病有所医”。因此，仅仅依靠政府的财政投入很难满足目前社会对医疗保障方面的多元化、高层次需求。鉴于此，必须在医疗保障体制中注入竞争机制、引入社会力量，提高医疗资源配的效率和质量。
4、医疗体制“碎片化”问题仍亟待解决
建立在高度分工的传统官僚制以及强调竞争机制的新公共管理在治理过程中，逐渐产生“碎片化”问题，毋庸置疑在中国长期的城乡二元管理体制下，也导致我国的医疗卫生体系出现“碎片化”的治理格局，严重阻碍医保统筹层次的提高，以及城乡一体化医疗保障体系的实现。尽管长期以来，我国一直积极探索整合城乡医保“碎片化”的管理体制。但总体来说，仍未形成整合、协调的医疗保障体系。按照希克斯的观点，“碎片化”容易形成八大问题：(1)转嫁问题，让其他机构来承担代价。(2)互相冲突的项目。(3)重复，它导致资源浪费，并使服务使用者感到失望。(4)目标相互冲突，一些不同的服务目标不可避免会导致严重的冲突。(5)由于缺乏沟通，不同机构缺乏适当的干预或干预以后但结果不理想。(6)在对需要做出反应时各自为政。(7)公众无法得到服务。(8)导致服务提供或干预的遗漏或差距。因此，在医疗体制层面，由于上述的“碎片化”问题，将直接产生两个危害：一是公众无法得到有效的医疗服务。这是由于传统的体制性障碍，使得政府各部门、政府与社会之间缺乏协调和合作，没有形成治理合力，容易引发机构重叠、分工不清、协调困难等问题；二是由于缺乏沟通协调，容易导致资源分配和医疗项目归属不清，造成公共资源的置换和不必要的浪费，公众不但没有及时有效地接受医疗服务，甚至可能进一步产生新的社会不公。因此，医疗保障体系的“碎片化”问题严重制约了我国医疗保障体系城乡一体化建设，进而严重影响医保制度的公平性和可持续性。