1.农民思想意识不够
农民的思想较为传统保守，对于新鲜事物的接纳有一定的难度，甚至根本就不清楚大数据、人工智能以及供应链是什么，很大程度上是拒绝打破现有的生产局面。
农民的文化程度不高影响了农民的文化素养，对于国家的政策解读也是欠缺，在我国实行的家庭承包制耕地政策只看结果，不能深刻了解国家新政策的用意。例如土地流转问题，在农村实行受到了很大的阻力，无法形成规模化，农民只能获得劳动的收益而无法享受经济上的规模效益。
有的类似“村霸”现象，对于土地占用进行统一化经营活动，借此无视国家的补助政策，只关注当前的耕地利益，不考虑长远农业经济发展的新趋势以及为农民带来的红利，甚至出现“吵闹”等事件的发生严重阻碍乡村振兴的进程。
2.基础性设施匮乏
由于农村市场未形成有效的产业链，对于基础性设施的资源自然匮乏，即使有少部分的基础性设施没有得到有效的配置发挥最大的效力。建设绿色智慧供应链需要互联网、物流设备、农产品再加工设备等的支持。
在农村互联网的覆盖还比较的分散，对于互联网的利用也不够充分；物流上的仓储设备、运输设备等也是严重匮乏，农产品的营销渠道较窄，未达成长期合作式的供应链；农产品的加工较为简单设置没有，大多数只是农产品直接以低价格销售给中间商（加工单位），赚取了再加工所增加的产品价值，没有使最大的价值落到农民的手里。
基础性设施的投入较大，对于融资也是难上加难，整合农村现有的资源进行优化配置的难度也是比较困难，是推行乡村振兴的拦路虎。
3.农业产业结构不合理，结构性矛盾突出
第一，产业竞争力不足，缺乏专业性生产技术人才，导致产业单一化，不能有效满足农产品市场的多样化需求。
第二，产业比例失调，在我国农村，非农产业中一直偏重第二产业，第三产业比重过低，对于服务型的绿色智慧供应链形成挑战。
第三，产业关联度较低，农村产业链较短，且产业链的相互配合性较低，不能够有效地形成带动式发展 。