（一）过于偏重反映经济效益评价的财务指标
《考核办法》对主业处于充分竞争行业和领域的商业类企业，重点考核企业经济效益、资本回报水平；对主业处于国家安全、国民经济命脉的重要行业和关键领域、主要承担国家重大专项任务的商业类企业，也是以合理确定经济效益指标和经济增加值指标的资本成本率为考核基础；只是对于公益类企业，才坚持经济效益与社会效益相结合，把社会效益放在首位。《考核办法》在确定三类企业的经营业绩总体目标时，更是以确定企业年度利润总额、经济增加值等财务指标为年度考核指标。
《实施细则》的30项财务绩效定量指标和管理绩效定性指标中，财务指标数量高达22个，并且《实施细则》对每项财务指标和权重都做出了明确的规定。但是对于8个管理指标，《实施细则》只规定聘请专家组织实施评价工作，而对于如何打分评价，则没有给出进一步的具体标准。
因此，以《考核办法》和《实施细则》作为高校企业经营业绩考核评价的蓝本，高校企业目前采取的评价指标中，以财务定量评价指标居多，对经济效益评价指标过分关注，在一定程度上忽视了高校企业集产学研为一体创造社会效益的特殊性。过分偏重反映经济效益的财务指标，一方面容易助长高校企业经营者急功近利的思想和短期投机行为，使他们不愿开展可能会影响当前盈利而对企业发展长期有利的科研投资，对科研成果转化及产业化非常不利；另一方面也容易导致利润操纵行为。
（二）财务指标衡量确定标准不合理
2015年《教育部考核办法》规定年度经营业绩考核目标值按照不低于前三年平均值的标准确定。在实际考核时，以实际完成值与目标值相比得出考核结果。2016年12月正式印发的《考核办法》规定年度考核基准值根据企业考核指标上年完成值、前三年完成值的平均值和外部因素、行业对标情况综合确定。虽然《考核办法》在企业纵向比较确定考核指标的基础上提出了行业对标的横向指标确定思路，但提出的时间比较晚，还未大范围执行。目前高校企业执行较多的依然是“不低于上年考核指标实际完成值或者前三年考核指标实际完成值的平均值”的考核思路。高校企业在科研成果转化、产业化过程中可能因为项目原因，出现利润大幅降低等极端情况。而目前的指标确定标准容易出现“鞭打快牛”或者“优惠蛮牛”的情况，即不利于考核的公平、公正，也不利用反映高校企业财务指标受产学研项目影响的特殊情况。
（三）社会效益评价中没有体现高校企业产学研结合的评价要求
《考核办法》将中央企业依据主营业务、核心业务范围不同划分为三类，针对公益类企业，把社会效益放在首位，重点考核产品服务质量、成本控制、营运效率和保障能力。《实施细则》中的管理绩效定性评价指标包括战略管理、发展创新、经营决策、风险控制、基础管理、人力资源、行业影响、社会贡献等8个方面的指标。《教育部考核办法》针对出版企业提出了诸如“重大教材出版项目完成情况”“精品打造”一系列社会效益指标。但是，上述评价指标均不涉及能体现高校企业产学研特色的评价指标。
因此，目前高校企业社会效益考核评价中更多的是体现节能环保、就业安置、安全成产等评价指标，基本没有体现高校企业产学研结合、科研成果转化、创新人才培养等方面的评价指标。
