1.专项扣除标准较少
本次个税制度修订中，首次增加了专项扣除项目，但住房、医疗、教育、养老等社会现实问题仍使中低收入人群的压力不断加大，个税的减税力度可能仍旧不足。专项扣除是否需要考虑不同家庭及不同地区之间的差异化，这些都是实际且充满争议的问题。此外，地区间经济发展程度的不同，使得经济发达地区与经济欠发达地区的居民收入、消费水平也不尽相同，若一线城市跟四五线城市适用一个扣除标准也不合适。此外，纳税人有不同的家庭成员结构与消费支出结构，在养育子女、赡养老人、医疗支出等各方面可能存在差异，在现有扣除范围中还有很多项目尚未纳入，比如捐赠支出、损失支出等。
2.倡导政策考虑不足
我国政府曾倡导“全民创业”政策，鼓励高校毕业生、下岗职工等重点人群进行创业或再就业，应在税收征管方面给予相关的政策性支持，例如在税制中为这类群体予以相应的个税减免或福利政策。此外，从“供给侧改革”的角度来看，当前5000元征税点在一定程度上减少了大部分人的纳税金额，但在我国经济快速发展的背景之下，该起征点还是未达到纳税人的心理预期，纳税人之间的社会公平还未真正凸显。与我国GDP相近的马来西亚个税制度在免征、减免方面，基本涵盖了家庭抚养、社会福利、文化体育等各种社会民生因素，对居民的生活支出给予了物质上的鼓励，在个税起征点上更是表现了注重社会公平的理念。
3.未与物价指标结合
自党的十一届三中全会实施价格改革制度以来，我国的物价水平总体上呈上升趋势。但个税中对工资薪金以固定标准进行扣除，未与物价水平相结合。当物价水平上涨时，居民生活的必要消费支出会增加，但费用扣除标准并未随物价变化而改动，这便了加重纳税人的税负，尤其是工薪阶层中的中低收入者。因此，个税制度的扣除标准应将社会经济发展、国内物价指数变化以及市场通货膨胀等因素考虑在内。
4.个税征管仍有漏洞
当前我国信息化共享机制还不成熟，税务机关在查取符合征收个税的纳税人及其应纳税额的进度中，难以完全获取相关信息，在征收方面存在较大困难。另外，随着我国现代经济的发展，很多纳税人的收入来源渠道多样，其部分收入可能来源于不同地区，但相关收入间的信息很难在不同征管地区间传递。若纳税人存在跨区域收入且不自主申报，税务部门在汇总统计上会存在较大障碍。此外，税务机关日常工作繁重，税款征收很大程度上依赖于各单位的代扣代缴，这种坐堂征收模式仅依据单位代扣代缴、纳税人自主申报以及其他根据税法征收标准的纳税项目进行工作，却没有对相关税收信息进行验证，可能会致使征管漏洞越来越大。