（一）工作定位：支撑和服务
科学事业单位的主要是任务是从事科学研究，为国家的发展、社会进步提供基础性、战略性、前瞻性的创新贡献。通过承担各类科学研究课题，产出各类科技成果，所以科学事业单位财务管理工作也有别于企业，财务工作的中心主要是服务于科研人员，保障科研工作的顺利开展，确保各类资产的安全和有效监督。
（二）核算方式：课题核算制
这是科学事业单位财务核算区别与企业财务核算的主要差异。科学事业单位核算的对象主要是各类科研课题，为满足各类科研课题核算管理的要求，所有科研课题不论预算金额大小，都必须进行单独核算，单独反映课题的收支结余情况。一般单位同时会有几百个课题核算对象，大的单位都会有几千个核算对象，工作量主要体现在课题核算上。
（三）业务支出种类多、发生频次高
科学事业单位由于科研任务不同，各项任务由于主管部门不同、经费属性不同等，管理要求各异，支出的分类主要有设备费、测试化验加工费、材料费、差旅费、国际合作与交流费、会议费、专家咨询费、劳务费、信息出版费、其他等十几个科目。为满足不同科研任务单独核算的需求，以及经费拨款、续时进度、阶段性任务需求等，使得各项支出发生的频次会非常高。
（四）监督检查多
科学事业单位（尤其是国立科研机构）其经费来源主要是各类财政性资金，除接受财政部门、审计监督部门的监督检查外，由于科研课题的种类较多，其主管部也各不相同，为保证专项经费的合规使用，发挥专项经费的使用效益，承担单位还必须接受各课题主管部门组织的专项监督和审查等。