新个人所得税法尽管有许多意义和优势，但也有一些不足之处，主要体现在以下几方面：
（一）、信息归集和监管成本较高
与旧个人所得税法相比，新个人所得税法需要采集纳税人更多的信息，尤其是在专项附加扣除项目中，税务机关需要掌握纳税人的父母年龄、子女教育、继续教育、租房或买房、大病医疗费用等情况，而且一旦这些情况或信息发生变化就要立即更新，这无疑提高了税务机关的征管工作的复杂度和信息归集成本。其中很多信息都由纳税人自己填写，而纳税人很有可能为了偷税漏税而虚报信息。由于个人纳税人数量多，税务系统如果对众多纳税人的信息进行监督、管理并一一核实、鉴别真伪，那么其监管成本是不可估量的。例如专项附加扣除中的住房租金支出，如果纳税人在朋友家住宿而不用交房租，但伪造租房合同并虚开发票，报送虚假专项附加扣除信息，就完全有可能逃税，而税务机关没有时间对所有纳税人的租房情况一一核查。
（二）、缺少鼓励科技创新的政策
新个人所得税政策中专项附加扣除中有子女教育、继续教育等鼓励、引导公民加强学习，提高自身素养的项目，但目前还没有鼓励公民进行科技创新的项目。科技创新在提高生产力，推动社会进步方面有举足轻重的地位。在企业所得税政策中，有高新技术企业所得税税率为15%、研发费用加计扣除等促进科技发展的政策。但目前新个人所得税法在引导公民进行科技创新、申请专利方面还不够完善，暂缺推动科技发展的政策。
（三）、部分专项附加扣除项目有待完善
专项附加扣除项目是新《个人所得税法》中体现税负公平的政策，然而，目前一些扣除项目的具体实施细节还有待于完善。例如，专项附加扣除中的赡养老人项目，目前的政策是纳税人的父母有一方年龄达到60周岁及以上就可以扣除2000元。但在实际中，父母一方达到60周岁和父母双方都达到60周岁，纳税人的负担是不同的。而且同样是父母年龄达到60周岁，有些纳税人的父母患有重病，每年需要大量的医药费用，而有些纳税人的父母身体健康，有些纳税人的父母还有医疗保险，这些情况下，纳税人各方面的负担也不同。因此，只设定年龄这一个标准而忽略其他情况，就一刀切式地设定一个2000元的扣除标准显然是不够完善的。此外，专项附加扣除中的子女教育项目，子女义务教育阶段是免学费的，但高等教育阶段的学费是相对较高，对中低收入家庭而言有些压力，目前新个人所得税法对纳税人子女处于义务教育和高等教育阶段只设定一个扣除标准，这显然也是不够合理的。在住房贷款利息项目中，纳税人首套房贷款利息可以扣除，二套房不能扣除，但对于“换房子”的纳税人，实际上只拥有一套住房，但按政策视同二套房不能扣除，这也是不够合理的。 大病医疗项目中，纳税人全年的医药费支出扣除医保报销后个人负担超过15000元的部分才能扣除，但对于一些经济困难的家庭来说，10000元左右的医药费已经对他们造成很大压力，却因没有超过15000元而不能扣除，因此，其扣除标准也是有待于进一步探讨的。
（四）、征纳双方都需要重新适应
与旧个人所得税法相比，新个人所得税法变化较大，核算较复杂，而且其中许多细节还可能再次发生变化。这无论是对税务机关的工作人员，还是对纳税人来说，都需要一定的时间来适应。目前，许多个人纳税人及扣缴义务人在核算方式上更偏向于旧个人所得税法，甚至有些信息比较闭塞的地方对这次个税制度的改革浑然不知，一旦新个人所得法突然实施，将会有许多人不习惯、不适应，甚至出现不会申报或错误申报的现象，这将成为个人所得税征管工作的障碍。