新区内功能区与所在行政区的矛盾是新区在体制变迁过程中一直存在且较难解决的一个问题。为彻底有效解决这个问题，如前所述，福州新区必须重新定位功能区管委会的职能，将功能区管委会作为新区管委会的派出机构，不再是各县（市）区政府的派出机构，而是将其所管辖区域完全从原所在行政区中划拨出来，独立行使经济和社会管理职能。
因此，接下来就直接涉及到各县（市）区政府与功能区管委会之间的利益分配关系问题。必须合理评估、划分各县（市）区政府与功能区管委会之间的利益分配关系。从原有县（市）区中划拨出来的街镇，由各县（市）区政府委托功能区管委会代管，各县（市）区政府和功能区管委会必须按照一定的比例进行利益分配。
但是，按照《福州新区发展规划》，在福州新区核心区800平方公里范围内共有闽江口组团、三江口组团、滨海新城组团、福清湾组团和江阴湾组团5个功能组团。其中，只有福清湾组团和江阴湾组团全部落在福清行政区内，三江口组团在规划中跨马尾和仓山行政区，闽江口组团在规划中跨马尾和长乐行政区。可见，在规划中，4个县（市）区的5个组团都两两不一样。更为复杂的是，目前各组团与已经成立的各功能区管委会之间的管辖范围也不一样，如三江口组团大部分地域在马尾，但也有部分区域是属于仓山的，闽江口组团在行政区划上分别属马尾和长乐。因此，各组团与各功能区之间，各功能区与行政区之间，关系错综复杂。
由于福州新区涉及的各个行政区和各个功能区都各具特色，很难用统一的模式来适用所有区域，需要因地制宜，采取不同的方式来进一步理顺行政区与功能区之间的关系。为此建议：
1.合作共建模式。即由各功能区管委会与所在的县（市）区政府合作双方以股份制形式，按照“投资、收益、风险对等”原则，共同开发、共同管理。功能区管委会作为新区管委会的派出机构，在法律上不能贷款和融资，只有通过成立资产营运公司才能贷款和融资，建议通过福州新区的资产营运公司福州新区开发投资集团有限公司进行整合。对于各县（市）区在福州新区成立前对功能区的前期投资，建议各县（市）区以以前的投资存量作为福州新区开发投资集团有限公司的股份，直接按比例进行分红。今后各县（市）区与功能区双方按新增的投资比例分享利润和成果。
具体运作方式是采取股份合作模式，即：将新区功能区所辖区域作为共建对象，由各县（市）区政府和福州新区功能区管委会合作双方成立的合资股份公司沟通开发，收益按照双方股本比例分成。相较于刚成立不久的功能区管委会，各县（市）区政府的资金实力较强，开发经验丰富，同时也由于各县（市）区政府对功能区所辖区域的前期投资所形成的资产存量，建议各县（市）区政府和功能区管委会分别占股本51%和49%，税收等收益按照51%∶49%分成，各县（市）区政府对功能区所辖区域的前期资产存量不再参与分红。采用这种模式的优点在于，引入了股份合作制之后，运作将更加规范，将能够最大限度地调动双方的积极性。
2.直管、代管模式。直管与代管模式，采取的是“条块管理、统分结合”的管理模式。目前两江新区、贵安新区等均分为直管区和代管区两部分。直管区，包括由新区管委会直接管辖，也包括由新区范围内的行政区直接管辖。比如新区核心区的启动区，一般都是由新区直管，目前，滨海新城功能组团直接由福州新区管委会直管，未来，可考虑未来进一步扩大直管范围，将江阴湾组团也由福州新区管委会直管。根据利益原则，经济发展精华区域是各个行政区的核心利益，除非进行行政区划调整，一般不宜被分割出去。由于福清湾组团覆盖福清县城中心区域，不适合由新区管委会直管或代管，而仍然需要由福清市直接管辖，否则涉及地方事务肯定难以得到当地配合。代管区，既包括新区管委会的代管，也包括功能区管委会对有关行政区乡镇或街道的代管。根据重心原则，因三江口组团大部分地域在马尾，可将涉及仓山部分的乡镇划归马尾代管。闽江口行政区划上，2个镇属马尾，4个镇属长乐。因此闽江口，要么马尾部分划归长乐代管，或长乐部分划归马尾代管，或者共同交给新区管委会直管。