在应用型高校中，金融实践教学的效果直接影响学生的学习积极性和就业问题。从实践教学中获得专业技能、学习掌握理论知识的运用，是目前应用型高校培养人才的关键目标。根据上述课程体系建设现状来看，金融专业课程体系存在理论与实训教学相分离的问题，表现为课程之间交互弱、课程内部的理论与实践环节交互弱两个问题，教学效果与人才培养目标还存在着相当的差距。
1、先修课程重理论，知识承接性弱
目前无论是金融学科重点建设的大学，还是地方院校，从课程体系上可以看出大部分将金融工程开设在第5或第6学期，前面有两年的时间进行相关专业课程的学习。金融工程是综合性学科，涵盖经济金融、计算机、数学等，但大多数本科院校开设金融工程时，缺乏足够的辅助学科，例如计算机编程、决策分析、数学建模等。一般而言，金融工程先修课程主要包括宏观、微观经济学，计量经济学，金融学，投资学；部分院校开设有与专业数学相关的课程，例如经济金融学和随机过程等；少数院校开设有信息技术相关课程，如计算机编程。
这些课程包含的知识量大、理论性强、模型多，与后续课程之间的承接弱，学生在学习的过程中花费了大量的精力去理解掌握知识点，但是对于知识点在后续课程中的应用却不突出。例如高等数学中的微积分、线性代数等数学课程学生感觉难度比较高、计算量大，这类基础性的课程是包括金融工程在内的高等专业课程的重要基础，而学生往往是上完课考完试，就把这些基础知识抛之脑后了。这就导致当后续相关课程需要用到微积分、概率论时，95%以上的学生并不知道该怎么用，甚至已经遗忘相关知识点，老师为了推进教学只能不断减少数学推导，这一方面不利于学生对知识点的理解和掌握，缺乏推导机制直接得出结论，无奈之下学生只有死记硬背，势必影响学习效果；另一方面，削弱了数学的作用，导致相关后续课程中数学工具出现频率进一步减少，前后课程的承接性大大降低，甚至脱节，陷入恶性循环。因而普遍出现学生为学习理论而学习理论的现象。
2、后续课程薄弱，以研究型理论为主
大部分应用型大学的金融工程是第5或6学期开设的课程，以重庆工商大学派斯学院为例，与之同步开设的课程主要有金融企业客户经理实务、理财规划能力实训、金融企业模拟运营与岗位业务能力综合实训、互联网金融案例分析专题。其后课程一共有两门共同专业课，即信托与租赁和风险投资学。从中可以看出，金融工程同步和后续开设的课程中以实训课程为主，但是课程之间的关联性弱，与金融工程更是几乎无联系。重点金融建设学校一般设置有与金融工程有关联的后续课程，如厦门大学开设有金融风险管理、固定收益证券、数理金融和投资学；上海财经大学开设有金融风险控制与分析、精算数学、最优控制专题；浙江大学主要开设有期货品种与投资、固定收益证券分析与模型和金融案例分析。但是这些课程以研究型理论为主，开设目的主要是为研究生做准备，应用性不突出。
3、独立实验课少，金融工程理论与实际脱节
目前与金融工程相配套的课程比较少，而设置有独立的金融工程实验课的更少。绝大部分学校开设的金融工程课程是理论和实训相混合的，如重庆工商大学派斯学院的金融工程课程总共48学时，其中36学时是理论讲解，12学时是实训实践。这样一方面削弱了理论知识点的学时，容易造成学时理解不透彻、把握不准确的问题；另一方面，实验课时有限，金融问题的定性分析和定量分析不能很好结合，实验实训内容设计不合理不全面，实践教学环节中学生参与的广度和深度远远不够，课程理论与实际脱节。
4、课程交叉性弱，并且存在重复
随着经济发展以及科学技术的不断进步，学科专业越加倾向于专和精，然而学科过度的专业化，容易引起各个学科之间存在分割和封闭的问题，难以形成一个有机的整体。金融工程所设置相关专业课程之间衔接较为薄弱，前后交互性不强，知识点之间独立分割，缺乏整合和梳理，学生难以形成整体的框架体系。与此同时，不同的课程之间又存在重复的现象，如金融市场中涉及衍生工具内容与衍生金融工具、金融工程中部分内容重复，又如商业银行风险管理与金融风险管理中的部分内容重复。这会导致学生学习积极性下降，降低听课效率；另外也会形成一种资源浪费。