服务于国家大局、服务于“一带一路”倡议，北京中医药大学开创性地提出“中医中心”这种集医疗服务、教育、研究和文化交流为一体的中医药国际推广新模式，以实现临床医疗和基础科研的结合、临床与教育的结合、中医与西医的结合、中西方文化的结合，达到提供中医健康服务、培养中医海外人才、传播中医文化、探索中医药走出去合作模式之目的。目前，北京中医药大学建有澳大利亚悉尼、俄罗斯圣彼得堡、美国马里兰三个中医中心。
“中医中心”得到国家高度重视和大力支持，2014年11月17日，习近平主席与澳大利亚总理阿博特共同见证“澳大利亚悉尼中医中心”合作协议签订；2016年7月3日，刘延东副总理见证“北京中医药大学圣彼得堡中医中心”揭牌。
“中医中心”运营以来，在人才培养、学术发展、医疗服务、以及中医药国际认可等方面成绩显著：我校与多所院校签署博士研究生培养合作协议，联合培养中医药拔尖创新人才；举办多场研讨会，内容涉及中西医结合、针药并用治疗疑难疾病、常见疾病等，极大提升中医药国际能见度、辐射力；临床服务病人数千余人次，多数疾病为经西医久治无效的医学难题。此外，澳大利亚中心获得澳官方管理机构颁发的执业准证，这也是澳官方首次向中国中医医师颁发的执业准证；俄罗斯中心成为俄罗斯第一所获得俄法律认可的中医院；美国中心获得美国NCCAOM（Council of Colleges of Acupuncture and Oriental Medicine）授学分证书资质认证，成为CCAOM 洁针考试考点。
1991年，北京中医药大学在德国建立北京中医药大学魁茨汀中医医院，这是德国第一家中医医院，也是唯一一家由法定医疗保险机构全额支付医疗费用的中医院，医院拥有门诊和住院部，设88 张住院病床，已经为2.7万多名患者提供医疗服务。2018年，魁茨汀医院列入国家中医药管理局中医药国际合作项目，成为中国--德国中医药中心（魁茨汀）。