（一）共生单元本然缺陷
导师与学生权力结构天然不平衡，使学术共同体内部共生单元的权力失范。一方面，导师本已具有极大学术成就和较高的学术威望，加之教师作为导师自带权威力量使得研究生在学术共同体中处在下风，对权威的崇拜和尊师的传统使得学生不敢对导师提出质疑和批判，甚至不敢于轻易发表自己的学术观点。另一方面，由于学生与导师学术意趣的不统合和分化使得导师有可能用高位的教师权力抹杀学生的学术权利。
导师缺乏对研究生的信任，剥夺学生话语权和行动权。在导生学术共同体学术交往中，导师对学生缺乏信任感与合作愿望，对学生往往分配一些比较简单、低级的甚至与学术无关的任务，学生作为共同体中具有创造性生命体的主体地位被隐没，话语权得不到彰显，致使学生心理上失衡，行动上也表现出敷衍与拒斥的态度。而且由于很多导师认为学生资历尚浅，还不具备做学术研究或者进行学术实践的能力，使得导师缺乏指导学生提升学术能力的积极性，剥夺了研究生的行动权，往往不利于学术共同体的稳定发展，也伤害了学生对于导师的信任感和尊崇感。
（二）共生模式不臻完善
共生模式是指共生单元之间相互关联合作的形式，共生模式推动导生学术共同体运行的基本航向。寄生模式下的导生学术共同体是脆弱的，学生往往完全依附于导师，对导师的能量进行吸收。偏利性共生模式在寄生的基础上进化，能够产生新的学术能量增长点，是对寄生模式的摒弃和发展。非对称性共生模式已经能够进行能量互换，只是不对称、不平衡。大多数的学术共同体都稳定地停滞在这一模式，不能进一步发展进化到互惠性共生模式，互惠性共生模式下导生学术共同体场域处于生态型的发展空间内，而这种生态空间难以构建起来。
在学术交流实践中，导师没有树立共生的教育理念。导生之间的学术交流合作本应十分频繁和紧密，但功利价值主义使得导生之间的交往本应富含的活力和生机被扼杀，导师与学生之间存在隔膜。同时，研究生扩招之后，导师授课任务加重，指导的研究生过多，加之行政事务缠身等原因, 导师与研究生之间交流稀疏淡漠，甚至功利取向愈加突出, 互惠性、平衡性、互动性的学术共同体名存实亡。学生对导师的学术能量的吸取不足够，而导师对学生新思维、新思想以及新的教育问题的关照纳取也不够，从而不能发挥导生之间开放、共享、争辩、批判、补充的优势，合作程度无法进一步加深，学术交流的层次不够深，共同进化的目的无法达到，对称性的互惠共生模式也就无法成型。导生学术共同体不外乎会经历这几种模式，但是一般都只停留在前三种，而这三种都是不完善的，不稳定的，不生态的，也是脆弱的，导师和学生在这样的不够完善的模式下不能形成互惠共赢、共荣共生的局面，会阻碍共同体的发展。
（三）共生环境不生态
导生学术共同体的发展总是要在特定的共生环境下通过学术信息以及物质的交往来达成。良好的共生环境是导生学术共同体各共生单元之间健康交往的外在条件，能促进导生学术共同体良性生长。然而现实不如人意。
当下由于功利主义、工具价值取向的滥觞，校园文化不再纯净，学术氛围变得浑浊。学校文化影响着导生学术共同体发展的进程和生长的效果，特别是学术氛围对导生学术共同体有潜移默化的作用。更多教师表现出学术工作的功利性一面，从知识之外寻找从事知识工作的动机。这使得他们无意于孜孜追求客观事实和真理，并在此过程中逐渐失去了捍卫学术权力的精神动力。这就失却了学术共同体存在最本真的意义。
当前导生学术交往文化有疏离趋势。师生学术交流显示出非共生模式的实践样态，使得在学术交往过程中，各共生单元缺乏互动交往的生命激情，甚至学生失却作为学术生命体的主体性，以机械化、生硬态、程式化的学术实践样式呈现。没能真正做到导生之间“一棵树撼动另一棵树，一朵云推动另一朵云，一个灵魂唤醒另一个灵魂”，导生之间心灵的互相敞开，互相抵达，互相落心生根无法完成，也就无法实现导生学术交流的真正碰撞和有意义的阐发。导师的意识、理念上不重视学生内心真实的学术意趣，忽视对学生学术意识和理想萌芽的关照，不能及时给予帮助和指导，使得学生对自己的学术方向把握不准，或者无法勇敢地做出判断。在学术交往过程中，往往过多注重知识的传递而忽视学术旨趣的挖掘和催生。
学校关于学术共同体的制度建构还不完善，表现为关键环节失位、缺位。已经存在的制度也有诸多不利于学术共同体发展的因素，表现为制度的越位、超位。从共生单元的理念到学校大环境的文化再到学校大环境的制度都不够生态，阻碍着共同体的优生优长。