随着高校规模的扩大，财务管理工作的内容不断增加，需要对财务管理工作中出现的各种各样的问题进行研究分析。
（一）财务管理系统是独立的，不能与其他职能部门的管理系统进行信息共享。在高校管理中，每个部门都有自己的管理信息系统，财务部门使用“财务管理系统”、“预算决算系统”，人事部门使用“人事管理系统”，资产管理部门使用“资产管理系统”，教务部门使用“教务管理系统”等等，各个数据库之间相互独立，彼此对数据的统计分析口径也不一致，不能进行信息共享。例如在教职工的课时费发放中，需要先在“教务管理系统”中统计课时量，然后在“人事管理系统”中统计发放标准、计算出课时费，最后在“财务管理系统”进行账务处理、经“国库集中支付系统”或“网络银行”发放给教职工，同时还要通过“个人所得税系统”进行代扣代缴教职工的个人所得税。在整个数据处理过程中，需要不断的对不同的数据管理系统中导出的繁杂的数据进行筛选和比对，极易造成数据的遗失或错位，浪费大量的人力物力，降低各个数据管理信息系统的利用效率。
（二）数据容量和数据安全问题。大数据建设的首要任务是将分散在各部门各管理系统的数据进行整合，需要输入大量数据，尤其是原始凭证和相关文件的影像资料会占用大量的存储空间，如何扩大数据容量是亟待解决的问题。而目前网络病毒种类多、传播途径广泛、有害信息蔓延，带来了各种新的数据安全问题，给高校的财务管理工作造成巨大威胁。
（三）管理层没有意识到财务管理工作的重要性。很多高校的管理层没有转变观念，仍然认为财务管理仅仅是对教学活动和科研工作的辅助，不愿为财务管理在大数据时代的转型升级投入大量资源，忽视财务管理对高校发展和管理的重要作用。虽然在高校中大都建立了财务管理系统，却没有充分发挥财务管理系统的先进性，经常用过去的经验开展财务管理工作，造成财务管理工作中普遍存在重核算、轻管理的问题，不能通过有效的财务管理工作为学校的发展提供有价值的财务信息。