1.农村电商品牌效应不显著、担保物不足当前，我国农产品质量、包装、物流、平台管理等方面的标准不够完善，致使农产品品质难以保证，很多不达标准的劣质产品容易流入电子商务交易市场。尤其是鲜活农产品的标准化生产体系建设较为滞后，影响了农村电商有序、规范开展。此外，农村电商特色产品的生产缺乏大型农产品集散地和深加工，难以进行规模化、品牌化生产，存在产品种类单一、同质化突出、品牌不强，难以保证产品的质量，造成发展后继乏力农村电商的涉农产品标准化程度不高，品牌效应还未完全彰显的情况下，致使金融机构难以对其授信，农村电商经营主体这一金融需求群体常常被正规金融体系排斥在外。
2.资金供给缺口较大。政策性银行存在供给不足、资金来源短缺、运行效率低等问题; 农村合作金融机构难以承担支农大任; 商业性金融机构普遍存在资金外流现象，使得农村电商主体获取资金更加困难经济的快速发展，金融机构的竞争性逐渐增强，为追逐利润，涉农资金支持严重不足，农村金融服务重心偏离农村，无法为农村电商的发展提供实质性的帮助。
3.农村金融服务效率低。农村金融基础设施相对落后，金融机构的内部征信体系虽比较健全，但是难以共享，而相对落后的地区征信系统还处于起步阶段，致使金融机构获取信息不够完整。加之，农村金融机构开发的网上银行、农信通等自助服务业务在农村的普及率严重不足，农村金融中介体系不健全，加之农村电商主体乏有效抵押和担保，致使农村电商融资成为急需解决难题。
4.农村金融机构体系不健全。抵押担保困难是农村电商融资的最大瓶颈，而农村金融担保公司实力不佳、经营规范性不强，潜在风险巨大;同时，政策性担保公司数量严重不足，致使农村金融风险补偿机制和风险分担机制不健全。形成的格局便是，农村金融不缺资金供给、农村电商不乏诚信，但是难以形成将资金转化为对农村电商贷款的有效机制。近年以来，随着P2P的集体崩塌，农村金融的信用环境极为恶劣。