制度执行过程中存在着多种问题，包括教职人员制度执行意识薄弱，规范意识不足等情况，同时也存在制度宣传不充分等原因。
通过调研《清华大学科研机构管理办法》和《清华大学教师校内兼职管理规定》等办法的执行情况，发现主要存在以下问题：
（1）制度的权威性不足。对于制度中已给出明确要求的条款，时常有申请建立机构的老师多方渠道尝试突破条款限制。对于超出已有管理规定的非常规事项，由于数量较多及情况复杂，难以形成统一、稳定的处理规则，最终经常出现突破管理办法的情况。
（2）不同层级人员对制度理解不同。按照目前我国高校行政管理层级、职责的不同层次，可以将高校执行主体分为高层管理者、中层管理者和基层管理者三种类型③。实际工作中，高层管理者往往是高校领导，更加关注战略目标和执行结果；中层管理者一种是院系学术带头人，行政管理经验不足，对制度的执行力认识不足，另一种是专职行政人员，更加关注制度制定本身，但未能深入基层调研，对制度执行情况不甚了解；基层管理者一般是科研助理，由于人员流动性大、专业素养不足、信息不对称和对学校工作部署理解不能完全到位等原因，缺少有效执行的主动性和实施能力。在实际工作中，三者不能完全无缝配合，经常出现脱节的情况，导致制度沦为一纸空文。
（3）缺乏系统的监管制度。近期突发几起科研机构的违规问题，如校内科研机构违规设立分中心或分支机构、违规签署协议、用名不规范以及假冒清华科研机构，都凸显了监管不力的问题。
（4）制度宣传、推广不足。一些管理规定本身制定的比较合理，能够较好的解决实际问题，但是由于宣传不足，未能为广大师生知晓，因此也难以执行。
（5）制度本身存在的问题：
i.目前相关制度均为学校职能部门起草，对于一些涉及复杂流程、系统的事宜的管理规定缺乏学术方面的权威科学论证，导致一些细节考虑不足，必然执行力不足。
ii.国内外、校内外科研形势变化较快，现有的科研机构政策体系及审核思路没有与时俱进进行及时调整。
iii.某些制度缺乏配套文件，同时对于违反规定的行为没有惩罚性的约束条款。
以清华大学科研机构为例，科研院机构管理办公室采用院系自行报告、网络搜索以及其他部门转来信息三种调查方式，对学校科研机构的运行情况进行了调研，截至2017年底，共发现四类科研机构违规问题，即校内科研机构违规设立分中心或分支机构、违规签署协议、用名不规范以及假冒清华科研机构。此前对于科研机构设立分中心或分支机构、对外签署协议及科研机构用名的事项在《清华大学科研机构管理规定》和《清华大学院系级科研机构管理细则》中都有明文规定。
2015年12月，清华大学出台了《清华大学教师校内兼职管理规定》。据统计，截至2018年6月，全校根据此规定签订校内兼职工作协议书的教师只有3名。