完整的制度执行链条分为前端、中端和后端三部分。主要是前端的制度制定、中端的执行与推动落实、后端的监管。在建立和完善制度制定的合理性、可操作性等前端各要素的前提下，同时切实增强中端的高校制度执行力，加强制度宣传，再加强后端制度执行的监督、追责机制，才能真正实现制度的执行，更加科学、系统、全面地对高校进行管理。
1.前端制度制定
清华大学制度建设工作在国内各大高校中处于较领先地位，教育部曾专门对清华大学制度建设刊登了一期简报，介绍清华大学系统构建以大学章程为龙头的中国特色现代大学制度体系，科学推进依法自主办学和全面深化综合改革进程。学校在制度制定方面主要的经验和做法主要有：
（1）校领导对制度建设工作高度重视。
清华大学在2016年专门成立了制度建设工作领导小组，由校长亲自担任小组组长，小组负责全校整体制度体系建设。下设若干专项小组具体处理相关事宜。
（2）制度制定程序的科学性。
2016年清华大学设立了法律事务办公室，负责学校规章制度草案的合法合规合理审查以及制度建设协调工作；特别在是2017年设立了制度立项制，重要规章制定须申请立项，法务办根据学校整体规划进行统筹，避免一些不要的制度设计。立项后，经合法合规审查后（必要时还要征求意见、公示等）再行提交决策会议审议，并按规定统一备案、登记、编号、公布及刊载。同时完善工作程序，实行制度建设年度计划和立项审核制度，对部分涉及不同专业领域或存在较大争议又确有制定必要的规章制度，试行委托第三方机构或专家学者起草的质量保障机制。
通过以上两个方面，在制度制定阶段就能够规避一些不必要的问题，能够保证制度整体体系和基本框架的水平，最大程度的保证了制度的合法合理性，特别是对于新起草的制度经过一系列程序后，均能够保证质量。对于2017年以前制定的规章制度，应及时“回头看”，对于需要修订的，应及时修订完善。以科研机构管理为例，根据最新形势，清华大学自2003年12月17日设立《清华大学科研机构管理办法》开始，先后于2007年、2009年、2011年、2015年及2017年进行了多次修订完善，促进了科研机构的良好建设。
1.中端制度执行
（1）实行主责部门负责制，谁制定，谁就是制度的主责部门，要明确主责部门的职责，即负责制度的落实和执行。
制度出台后，主责部门要及时了解执行情况，制定制度落实计划，进行制度的宣传、解读、答疑、解释等。出现问题及时解决。发现制度执行不力时，主责部门需要调研查找原因。
及时“回头看”，在实际执行过程中，若发现有不合适的制度内容影响到执行，及时优化可以有效地降低执行成本。优化制度不但不会降低制度的权威性，反而会提升学校所有相关人员执行制度的自觉性。及时发现是否存在制度与现实情况不符的情况并根据情况及时修订调整，以适应新的形势；对于一些已经完成历史使命或上位法已经发生变化的制度，要及时调整或废止。
形成制度总结反馈机制，即在制度执行过程中，应定期总结，至少每年形成制度执行情况报告，重要制度应半年总结。在制度执行的不同阶段，不定期以问卷调查或座谈会等方式，及时了解基层人员对于制度的了解情况、建议或意见、以及现有制度执行困难的根源等。
（2）完善沟通机制。建立由各职能部门牵头的沟通机制，搭建沟通平台，完善交流制度。
（3）加强文化建设。校园文化认同感对于提高制度执行力也是很关键的因素。如果对校园文化不认同，那么将很难约束自己的行为，自然容易违规；反之，如果校园文化认同感提升了，制度执行力自然也就提高了。如同法律是道德的最低标准，那么，制度就是文化的最低标准。因此，加强文化建设，树立各层级人员的共同愿景，激发全体师生员工的责任感和使命感，才能使得制度执行成为自觉行动。
（4）维护制度权威性。维护制度的权威性是提高制度执行力的有力措施之一。制度的权威性促使学校相关人员敬畏制度，从而自觉遵循制度约定，有效执行制度。制度一旦制定并生效，受约束的是学校所有相关人员。制度执行过程中的标准应统一，坚持制度不因执行者身份不同而产生执行偏差，坚持制度面前人人平等，这是提高制度执行力的关键所在。
2.后端的制度监管
发现有违反制度的情形，要加强追责环节，提高制度的刚性，激励执行者遵守各项制度的信心。
加强制度监督力度。制度监督者应认真对待监督工作，及时发现违反制度的情况，制度监督者应铁面无私，切不可将监督工作当成例行公事，敷衍塞责，亦不可做“老好人”，对违反制度的事情“讲情面”。
坚持制度问责制。一旦违反制度，不论身份高低，必须追责并严肃惩处。若违反制度代价太低，则容易导致人们无惧违反制度带来的惩处，从而降低制度的权威性。建立人人敬畏制度的氛围。积极并广泛进行制度的宣传教育，使自觉执行制度成为人人自身的修养，人人坚信制度的权威性不可动摇。良好的制度执行氛围会带动学校所有相关人员一起遵循制度约定。
健全完善的制度监督机制是制度执行的有力保障，建立制度执行的责任制是制度执行的重要因素，实行严格的追责问责是制度执行的关键推手。只有明确制度执行部门的责任主体和责任，建立科学的制度考评体系，将监督机制与考评制度结合起来，才能有力解决制度执行力不足问题，同时建立严格的追责环节，对于违规问题，绝不姑息手软，制度执行力不足问题必将大为改观。