1.药品价格形成机制不健全
药品价格机制不健全直接导致我国药品价格虚高，从而增加了人民群众的用药负担。2015 年以前，我国价格形成机制主要以成本加成方法为基础，按社会平均成本进行药品定价。同时也制定医保药品的最高零售价格，虽然降低了小部分药品的价格，但是仍然没有形成合理的药价体系。主要原因有：一是定价方法不合理。按照社会平均成本定价，在一定程度上保障的企业的利益，但从长远上看却对患者不公平。由于只考虑成本，缺乏疗效的考虑，会使药品市场出现“劣药驱逐良药”的现象。另外我国药品生产企业众多，药品价格成本审核的专业人员不足，加上药品生产的社会平均成本难以确定，从而导致了政府制定的零售价格远远高于实际市场交易价格。二是药品价值意识缺失。当前药品价格既无法真实反映药品价值．也无法准确反映市场供求关系。由于价值意识的缺失，我国药品价格形成未能体现“药有所值”，同时药品市场存在着信息不对称，供求关系不能有效影响价格，造成药品价格与市场交易价格相背离。从药品市场供给来分析，药品同质化现象比较严重而且出现药品市场供过于求，按照市场供求竞争机制，药品价格应该比较合理，然而情况并非如此，药品价格依旧高于市场价。
2.药品价格体系不合理
目前我国药品价格已经放开，但合理的药品价格体系尚未形成。药品价格体系包括比价体系和差价体系。从药品比价分析，由于价值意识的缺失，导致了一些药品没有形成合理的比价关系，主要有以下几个方面：一是具有相同疗效的药品比价不合理。对于药品成分相同或者疗效相似的品种，新药和已上市药品之间、已上市药品之间的比价，包括同适应症药品间，如降糖类药、降脂类药，同类药品之间，如他汀类、普利类，在临床上具有明显的替代、补充作用，还没有形成价格比较，没有建立合理的比价关系。二是相同成分不同剂型之间比价不完善。企业为了获得较高的定价，通过改变原有药品的包装、剂型、剂量等方式。虽然制定了《药品差比价规则》，来解决来这一突出问题，但由于市场激励竞争和追求低价生产的背景下，最终也没有形成合理的比价。从药品差价分析，由于药品流通领域环节多，经销商、代理商层层加价，最终导致药品价格不合理上涨。国家对药品出厂价、批发价、零售价之间的比例有统一要求，其比例大约是1:1.8:2.07，在流通环节是制定了两票制，来减少中间环节所产生的费用。但是由于医疗机构的垄断性，药品生产企业以回扣、折扣的方式，使医院用价格高、利润多的药品。在我国药品生产、流通、销售等环节都存在问题，难以形成合理的药品差价。
3.政策未能有效衔接
药品价格市场化改革是一项复杂的系统工程，药品价格不仅与自身的成本和价值有关，还与医药政策密切相关。近年来，国家出台药品集中采购、医保药品支付方式、药品零差率等政策在一定程度会影响药品决策的科学性和可操作性。主要由以下几个方面：一是公立医院补偿制度不完善。目前公立医院实行药品零差率政策，取消了药品收入对医院的补偿之后。如果不能切断医疗机构和药品销售之间的利益链条，市场机制的作用是很难真正发挥出来的，受利益驱动，药品价格在这一环节很有可能被扭曲。二是药品集中采购制度不合理。过去政府在药品采购中，容易倾向于低价药，缺少药品疗效的考虑。由于缺少药物的一致性评价，在药品市场存在同种药品会有不同的药品质量。在市场机制不健全下，最终导致药品采购形成价格两级分化。
4.药品价格检查监督体系不完善
我国药品市场价格混乱，监督体制不健全，导致在许多地方出现同种药品价格是不同的现象。药品价格监管不完善主要表现在以下几个方面：一是药品价格评审与监测不完善。由于我国医药市场竞争机制不充分，市场购销主体多元化，药品流通环节复杂多变，使得药品监测难度加大，再加上药品价格监测手段单一、范围有限、信息收集滞后等原因，影响药品监测数据的客观性和真实性。二是药品价格信息化监管平台落后。药品的出厂价、批发价、零售价不能及时更新，以及药品价格检查中的价格违法行为不能有效的反馈。三是药品价格监管专业人员不足。由于我国药品种类多，政府监管的人员不够，同时检查手段单一，执行过程困难。尤其是对民营医疗药店等终端销售面广的单位，销售手段和方法复杂多变，难以监管到位。