日俄战争中清政府虽然宣布保持“局外中立”，但是以袁世凯为首的清朝大员却暗中给予了日本帮助，战争物资的补给，谍报活动的人员投入与帮助更有直接史料记载。不同于北京特别任务班，芝罘任务班“完全是幕后工作”，以搜集俄军情报。同时联合海贼马福连等组成“满洲忠义军”，进行铁路破坏等活动。1902年2月，日本参谋次长村田怡与造少将与小山秋作大尉，历游中国南北，途径保定时，访问了直隶总督袁世凯，就俄国在满洲的军事行动交换了意见，达成共同监视的认识，并订立秘密协约。1902年6月28日，驻芝罘公使馆的武官守田利远大尉前往保定，与立花小一郎（北洋大臣的军事顾问）及梶川重太郎（日本公使馆武官）两少佐，一同前往拜访袁世凯，就此前所订立的协议，大体缔结了以下几项约款：
1.袁直隶总督在满洲及山东之侦查工作，全部委托于守田大尉，派遣在上述各地之中国侦查将校，受在芝罘之守田大尉指挥。
2.驻在满洲及山东各地中国将校所获得之情报，一旦搜集于守田大尉之手后，由守田加以综合，分送日本参谋本部及中国之直隶总督。
3.派遣至满洲及山东各地将校之驻扎地点，由守田大尉决定之，暂时规定如下：在芝罘、奉天、哈尔滨、富拉尔基、珲春及青岛等地，各驻中国中尉一名，如有必要，可移至铁岭至海拉尔等。
4.袁直隶总督、立花小一郎少佐，北京日使馆武官室及守田大尉之间，设置特设之电报密码，以资互相联络沟通。
这项秘约确定了芝罘特别任务班的成立，并贯穿日俄战争始终。特别任务班中国方面由段芝贵负责，他从武备学堂毕业军官中挑选了吴佩孚、孟恩远、王怀庆、陈大有、陈中孚、崔子尉、崔少肃、官天鹏等16人。这些人表面上谎称“脱队人员”，实则先赴山东芝罘岛，归驻烟台日军武官守田利远少佐指挥、训练，受过短期训练之后，他们扮成肩挑小贩、卖布的或拉洋片的中国人，分赴满蒙地区监视以及侦探俄军在东北的军事活动，收集情报，尤其是俄国东方舰队的实力。凡是各地谍报人员每日传送到总督府的情报，袁世凯即出示顾问坂西利八郎，译成日文，递交当时天津驻屯军司令官仙波太郎少将，再用电报发给日本参谋本部。
1903年7月，冈野增次郎受守田利远所托，负责调查旅顺要塞的实际情况，冈野增次郎乔装成旅顺一家承包卫生器材事业者川上贤三的店员，在此掩护之下，经过一个半月的侦查，制成“旅顺要塞海陆两正面炮台堡垒略图”和“旅顺要塞海陆兵营位置图”。日俄开战后，在守田利远的邀请下，冈野增次郎于1904年3月25日，再次前往旅顺，完善之前所绘制之图。冈野增次郎收买了专门为俄军修筑炮台堡垒的工程师张清等三人，在原图基础之上，补上增建的部分，数十日之后完成。守田利远于5月1日将这两幅图送到参谋本部，以供日军作战参考。
1904年4月10日，日本参谋本部发来电报，要求切断营口、普兰店之间俄军的通信，儿玉源次郎于4月下旬将此传达给守田利远。守田利远在袁世凯的协助下，组成中日40余人的特别任务班，乘坐“海容”号旗舰从芝罘出发，途中因船舰突然开往上海，更改了原本航线，最后是由先出发的小仓昌吉等十余名大陆浪人完成了这一任务，5月中旬守田利远特乘坐木制帆船抵达锦州。5月20日，守田利远再次率领由伊藤俊三、冈野增次郎、田锅安之助、川上贤三、江良文晖、坂本与之助、一十太郎、长田吉次郎、高山开藏、佐佐江嘉吉、吉见圆藏、森井贯之、土井直五郎、冈本治寿、细野常平、小仓昌吉、大角六左卫门，松永峰次、谷村源藏、伊木虎吉、西山保壮、陈中孚、郑德祥、吴佩孚等48名中日谍报人员组成的侦察班前往辽东半岛，他们乘坐一艘日本商船在辽东半岛的煤窖登陆，登陆后开始在复州、普兰店、得利寺、娘娘宫一带侦查俄军军情。随着战局的演变，侦察班本部曾由芝罘移至松木岛、青岛、娘娘宫等处。同时，向下列各地派遣中国侦探人员：
奉天——宫相臣；蚰岩——张敏卿；盖平——初兰亭；熊岳城——傅继发；析木城——曹振镖 ；大石桥一梁慎勇；万家林——宫寿山
6月1日，据配置在煤窖方面的高山开藏报告，在西中岛海岸有一艘水雷驱逐舰。 田锅安之助与细野长平决定前往查看实情，抵达后发现这是一艘俄国军舰，名叫“鸟泥瓦纪利奴”，是一艘250吨的水雷驱逐舰。5月20日左右，受日本驱逐舰“晓”的追击，逃入金州湾内触礁，舰内人员全部逃走，田锅安之助等人俘获该舰后，插上了日本国旗。6月12日，守田利远接到命令，协助第二军的大谷兵站监，征用中国民船，将俄舰带到娘娘宫。至21日，已经征得民船50艘，24日，娘娘宫侦查队接到参谋部的电训，要求尽快返回芝罘，负责旅顺的侦查任务，配合日军旅顺登陆作战，于是侦查队于26日退回芝罘。返回芝罘后，侦察队的主要任务就是负责取缔从山东到辽东半岛的秘密航行船只，防止驻俄公使从山东运送军需物资到辽东半岛支援俄军。10月10日左右，守田利远特务班接到消息，说驻芝罘的俄国领事馆正在寻找中国船只，为其将重要文件秘密送到旅顺，具体情况并不得知。经过多方打探，守田获知10月18日上午有大船要从芝罘开出。于是派遣谷村源藏去海岸拦截为俄国运送资料的俄国船只，截获他们的秘密文件。就在同一天晚上，俄国方面正好委托中国船户刁佩斌运来装满东西的6个麻袋，6个油桶，得到消息的守田利远率领侦察队全员前往码头，连夜将这些麻袋和油桶打开，发现里面有俄国沙皇和皇太后给旅顺港司令斯坦塞尔的两封诏书，以及7月后给斯坦布尔及其部下的各种邮件和给伤员的绷带、纱布、药物等。守田利远侦察队将这些俘获的信件与物资送到日本第三军司令部，由伊木虎吉押往旅顺。22日，守田特别任务班接到儿玉源次郎参谋长以及山县有朋参谋总长发来的贺电，12月15日，大山岩总司令为其颁发奖状。
同北京特别任务班一样，芝罘特别任务班在搜集情报的同时，也联络海贼马福连等组成“满洲忠义军”，破坏铁路，扰乱俄军，以协助日本第二军的旅顺登陆作战。特别任务班成立之初，允诺守田利远联络辽东半岛马贼的王日成、汝南沁不见进展，守田利远转而派遣伊藤俊三前往貔子窝联络马贼，组成秘密团体，伊藤俊三于1904年3月1日起草了招编“忠义军”的檄文，并于3月20日，派中国密探李吉亭前往辽东半岛，在各村落张贴宣传。檄文宣称：“俄人频乘我衰残之际，拳匪之乱，擅放大兵，暗击我兵，杀戮良民，蹂躏大清祖宗发祥之灵地......逞作吞并之谋......大逆无道至极矣......大日本皇帝陛下,夙笃邻交重唇齿辅车之宜.......陆军将不日掩击俄兵于我满辽之野，敢请义烈奉公之士民.....何提尔刀枪，电击奋振，一抱日军之厚义。”檄文大肆宣扬俄国在中国东北的“暴行”，称日本出兵是为帮助中国击退俄军，事后证明这只是日军为联合东北的爱国之士来协助其对俄作战的手段之一，但当时俄军蚕食中国东北的事实，与日本不仅没有表现出对中国的侵略之意，反而对中日间“唇齿相依”与“同文同种”之关系而进行舆论宣传，致使当时东北战区内的中国人，“无论官民，都对日本表示同情，因而有使用中国人为密探的便利条件。”由此可以看出在日俄战争中，清政府表面宣布“局外中立”，不仅袁世凯为首的朝廷大员是“亲日”的，民间人士以及普通民众相对于俄军而言，也普遍对日本“表示同情”，日本防卫厅战史室编纂的《日本军国主义侵华资料长编》中也承认：“日俄战争时的日清关系良好，在满洲作战中得到不少方便。”