1 观念因素
受.到地方保护主义的制约，在加强区域经济合作发展的过程中出现了严重的内部不公平问题，无法确保资源的有效配置，会限制地区经济发展水平的提高。在过去发展中，京津冀在过去发展过程中的条块分割，区域协调不畅，区域合作共建相对忽视，无法形成商本位理念下的市场推进，不利于经济建设的持续稳定发展和合作优势的发挥，对地区农业经济发展情况的改善和农业合作模式的全面落实造成了严重的制约和阻碍。
2 .政策因素
政策因素也会对生态补偿机制下京津冀农业合作模式的建设产生局限。一方面，首都经济地带在我国具有特殊性，并且在京津冀地区的经济发展过程中保持着绝对的优势，这必然会导致京津冀地区开展农业合作的过程中无法在相同的层次合作，对合作效应的发挥会产生限制性影响。其次，区域之间农业政策和生态补偿政策存在明显的差异，如果要想实现三个行政区之间政策的统一协调存在巨大的难度，协调成本也相对较高，因此难以实现深层次的合作和交流。此外，在构建京津冀农业合作模式的过程中，合作政策往往向第二、三产业集中，对农业合作的关注度偏低，也会影响京津冀农业合作模式的建设和应用效果[6]。结合具体数据进行分析，北京市是我国政治中心，经济发展水平高，2017年的数据显示，北京三次产业结构比为0.8∶23.1∶76.1，北京城镇化水平最高，达到86.2%；
天津作为重工业中心，三次产业比重为1.4∶52.4∶46.2，基本实现城镇化（70.7%）。河北省产业发展整体水平低，三次产业结构比为11.9∶53.5∶34.6，城镇化率仅为45.6%。区域不平衡和各具优势为日后的农业合作与补偿提供了良好的条件。
3.人才因素
人才因素是全面推进京津冀农业合作模式的重要保障。从本科录取率角度对京津冀三地人才情况进行分析，发现2010年全国高考，北京本科录取率54.9%，其中一本录取率超过20%；天津本科录取率为59.1%，但是一本录取率低于北京，为19.7%；河北地区本科录取率为34.6%，一本录取率极低，为4.4%，甚至不到北京和天津的四分之一，三地人才不均衡情况可见一斑。以此为基础对影响京津冀农业合作模式的人才因素进行分析，发现河北省各级农业部门缺乏高素质管理人才，无法对农业管理工作实现宏观把握，这样在生态补偿机制下应用京津冀农业合作模式的过程中，河北省就会受到人才限制处于被动地位，再加上京津地区的高素质人才不愿意向河北地区流动，也会对京津冀农业合作模式的应用产生不良影响，无法真正发挥出人才的作用促进农业经济整体发展水平的进一步提高。.
4. 资金因素
基于生态补偿机制，京津冀地区在探索构建和应用农业合作模式的过程中遇到了一定的资金障碍，主要表现在：资金来源不足，京津地区对河北省的生态需求相对较强，但是所投入的生态补偿资金却较少，无法确保各项项目的建设工作得到有效的资金支持，会影响农业合作模式的实际应用效果。