1919年，五四运动兴起，章益彼时在圣约翰大学附中读中学四年级。一日，看到报纸上的北京学生爱国运动深受鼓舞，在饭厅里向学生倡议投入爱国运动。结果因倡议投入"五四”爱国运动，被圣约翰大学附属中学开除学籍。百数同学为章益鸣不平，要求学校收回成名，并自动离校以示抗议，学校并没有收回开除章益的成命。章益等一行学生因没有中学文凭，在报考大学时处处受限，后幸遇当时复旦大学校长李登辉，李校长最同情学生的爱国运动。应李校长之允，章益等十数人考入复旦大学。章益感念李校长的知遇之恩，将其视为慈父。1924年,章益入美国华盛顿州立大学，经李登辉的指点攻读教育学和心理学。1943年，李登辉得知章益在重庆任复旦大学校长时说道:"有章益继承我的衣钵，我死而无憾了。”章益继承李登辉的衣钵，主张推行复旦一向的校训。复旦大学有两大校训："博学而笃志，切问而近思”和"思想自由、学术独立”。"博学而笃志，切问而近思”代表着一种严谨广博的治学精神，"思想自由、学术独立”代表着一种民主自由的治校方略。章益校长的治校经略可以说是秉承复旦校训，宽严并济地带领复旦走向繁荣。他鼓励学生自由选课、任其自然发展，可谓为宽；严格把关考核制度，可谓为严。

创设自由的学习环境，培养独立研究的能力

亚当·斯密认为“自由不仅是评估成功或失败的基础，而且也是个人主动性和社会效能的主要决定因素。更多的自由可以提高人们帮助自己的能力和影响世界的能力，这对人的发展过程极为重要。”
章益也认为自由对个人乃至社会的发展都有着重要的意义。章益在在20世纪30年代解释复旦大学的办学方针时说道："复旦向来的办学方针，就是没有方针的方针，换句话说，就是听任同学自然发展、自由研究，学校只为每个人提供了尽可能多地发挥才能的良好环境。所以往往在商学院的学生，会变成一个制造家，而成为文学家的，却不一定来自文学系。”在1935年10月8日新生指导会的讲话中，他还说："学校当局认为你们已经是一个成年人了，一个成年人应该有独立的人格，否则如终日督促着你，那么四年之中，必造成大批奴隶；然而我们复旦大学希望造就大批‘自由人’”。为了鼓励学生自由选课，复旦大学自1924年起实行"学分制”，学分制规定："每学期中，每星期授课—小时，作一学分，又或实习一小时或二小时，亦作为一学分。每星期每生至少须授课十六小时，至多不得超过二十一小时。”"每生除国文及体育外，须习满一百二十八学分方准毕业”。三十年代，复旦实行主修辅修制，规定除主修课程外，学生须修满一定的辅修学分才能毕业。