清袭明制，在基本延续明代财政制度的基础上又有所创新。中央财政管理机构为户部，满汉尚书及满汉左右侍郎各一人。下设十四清吏司，分别掌管各省财政收支及地丁漕粮盐课常关等各项事务。除此之外还有一些特殊机构，捐纳房负责捐输管理；钱法堂负责货币政策与铸币业务，下设宝泉局（工部为宝源局）；井田科负责旗地与内务府庄户。银库、缎匹库和颜料库，分别掌管银钱、布匹绸缎以及颜料纸张的出纳。

地方财政管理机构方面，各省设布政使，总管一省田赋杂税，每年分上下忙两次催征所属州县钱粮杂税。其余税款主要为漕粮、盐课、关税。漕粮即将有漕省份所征之米麦豆沿运河送抵京仓或通州仓，设漕运总督、仓场户部右侍郎、巡漕御史、督粮道、库大使等官员专管漕运。清初于各省设巡盐御史，康熙之后，改为由总督、巡抚兼任，下设盐运使司、盐法道等基层派出机构。清代常关分为户关与工关，户关税款充入户部银库，工关税款供工部修缮之用。在高度集权于中央的财政管理体制之下，地方财政收支款项除一小部分“存留”作为地方日常经费开支，“留贮”或“分贮”以备不时之需外，其余全部作为京饷解缴京师或协解他省。

清代吸取明代皇室过度占用国家财政经费的教训，专门设立内务府管理皇室开支。下设广储司统筹宫廷所需物资出纳，设银、皮、瓷、缎、衣、茶六库，并辖京师内织染局和江宁、苏州、杭州三织造衙门。设会计司领畿辅、盛京、热河、归化城等地886处皇庄的田赋和庄丁的编审[5]。由于拥有一大批田庄地租收入、各地岁贡、各级官员报效，外加借给盐商生息的高额“帑息”以及崇文门关税收入，清朝前期内务府经费来源充足，不需要动用国库存储便可满足皇室开销。相反，国家财政支用浩繁之际，内务府屡屡拨款以充国库支用。

财政管理制度方面，存留、起运、冬估、春秋拨、解协饷、漕粮北运、钱粮奏销考成等制度逐步完善，形成了四柱清册、赋役全书等较为完备的上报形式。三藩之乱后，内地大规模战事基本结束，“滋生人丁，永不加赋”、“摊丁入亩”等政策鼓励开垦土地与人口增长。历经康雍乾三代君主的励精图治，国家社会经济持续发展，至1778年户部库存银达到8341余万两之巨，成为整个封建时代国库储蓄的最高峰。

这一时期清廷继续秉持量入为出的传统儒家财政思想，即孟子的“是故贤君必恭俭礼下，取于民有制”。康熙之后的历代君主恪守“永不加赋”的祖制，以此为施行仁政的基础。财政收入方面地丁钱粮几乎占一半以上，关税杂税等工商类税收所占比例极小，支出则以军饷、河工、皇室开支为大宗。且冬估制、春秋拨制以及地丁钱粮奏销与兵马钱粮奏销的同时进行,已经显现出清代前期奏销的“预算”色彩。

至嘉道年间，财政状况逐步恶化。嘉庆帝从乃父手中接过的是一个日已偏昃的庞大帝国。盛世难续，衰败之期将临。嘉庆堪称守成之君，但究竟没有乃父的胸怀与气魄，“盖极盛之后难为继，清代士大夫辄以乾嘉并称，讵知丰啬不埒。” 嘉庆元年湖北的白莲教徒以“官逼民反”为号召，首先揭竿而起，很快席卷川楚陕等省，这次大起义前后历时9年之久才被镇压，参加群众多达数十万，抗击了清王朝从全国十六省调来的军队，使清政府耗费了2亿两军饷，相当于当时4年的全国财政收入。川楚陕白莲教大起义，成了清王朝由盛转衰的分水岭。之后战事频仍，军费及战争赔款不断增加。加之水旱灾害侵扰，河工经费不断攀升，直接导致户部库存银数总体上呈逐年下降之势。更有甚者的是管理银库官员串通舞弊，中饱私囊，至1843年银库案爆发之时户部银库存银只有292万余两。

但将嘉道时期的财政与咸同时期相比，前者的优越性不言而喻。简言之，这一时期的财政虽不如以往充盈，但绝非一无是处，可以将其概括为“有量变而无质变”的过渡性财政。国家财政收支基本平衡，中央与地方各机构尚可正常运转，量入为出、“指臂相联”的传统财政体制得以继续维系。