（一）章程与学校设立前后关系倒置

我国学校要在自主性上有所改进，首先要有自己的章程。但是章程与学校设立的倒置现象在我国是常态。依照《教育法》第二十六条的规定，“设立学校及其他教育机构,必须具备下列基本条件:(一)有组织机构和章程…… ”，章程是学校设立的必备条件之一，而在我国，无章程的学校并不少见，部分有章程文本的学校，章程也仅是一种虚设。由于《教育法》颁布前已经存在大量没有章程的学校，所以原国家教委作为一种过渡化措施，要求逐步制定和完善学校的章程。2003年，《教育部关于大力加强依法治校工作的通知》（教政法〔2003〕3号）提出“学校要依据法律法规制定和完善学校章程”，为推动章程建设、依法治校提出了指导思想和目标。2012年，《教育部关于印发全面推进依法治校实施纲要的通知》指出要“加强章程建设，健全学校依法办学自主管理的制度体系。到2015年，全面形成一校一章程的格局。”至此，学校章程核准开始受到广泛重视，各省市相继下发文件、通知，对各级各类学校章程核准工作进行“查漏补缺”，基本推动了“一校一章程”目标的实现。
随着国发〔2017〕7 号的颁布，章程属于新建学校设立审批中提交材料的重要部分。但是缺少教育行政部门的核准，缺少教职工代表大会的民主决议，如何保障章程建设中的民主性、参与性，保证章程设计的科学性、规范性、合理性，成为章程与学校设立前后关系理顺后衍生出来的新问题。

（二）中小学校章程文本制定与实践脱节

总体而言，中小学校章程的实践性并不高。一方面，部分学校章程依旧缺失。学校处于“无章可依”的状态，教育行政部门的规划、命令成为中小学校教学管理的基本遵循，有的甚至将校长的口头指令或者拍脑袋决定奉为章程加以推行。近几年，随着2011年11月28日教育部出台《高等学校章程制定暂行办法》（教育部令第31号），各省市才将章程建设的着眼点转到中小学校上，将“一校一章程”作为一项重要工作部署，但仍旧有部分学校章程处于缺失状态。另一方面，章程制定工作与实施工作脱离。二者本该是相辅相成、前后相继的工作阶段，但是不少地区、学校却将章程制定工作当作任务，已经通过章程核准的中小学校，大多也是将章程规定的标准、程序束之高阁，章程文本多作为应付检查的工具。加上缺乏上级教育行政部门切实有效的监管手段，中小学校章程形同虚设。

（三）中小学校章程建设的理论研究缺乏

以CNKI学术期刊网为主，用 “高校”并含“章程”按篇名模糊检索，可得相关论文345篇；用 “中小学”并含“章程”按篇名模糊检索，仅搜得相关论文56篇。相较于近些年高等学校章程的高关注度，对中小学校章程的理论研究力度明显较弱。由于基础教育相较于高等教育具有明显的特殊性，高等学校章程不论是理论研究还是实践探索对于中小学章程建设的借鉴意义并不大。章程文本应当在合法、全面的基础上追求特色与规范,健全并运行中小学章程制定与实施的监督保障机制。我国在章程建设政策方面，倾向于政策引导，尤其需要在广泛理论研究的基础上推动中小学章程建设进一步推进。而我国中小学校章程研究主体性缺失，中小学校对章程理论研究的参与度不高，多在高等院校或专业机构进行，无法担负起对学校章程建设的咨询、诊断、推动、指导与引领功能。且研究的着力点往往关注章程建设的现状与快速实现“一校一章程”目标实现的路径探析，对于推动章程建设常态化机制的研究较少。

（四）中小学校章程的监督方式单一

学校章程首先是一个法律问题，本质上是一个学校运行机制的调整和改革问题。各地教育行政部门多依据国家教育政策和上级主管部门工作要求，通过将先进地区学校章程文本模板发放给学校的形式，快速达到中小学章程“全覆盖”的工作目标。通过章程核准后，教育行政部门对章程的落实情况和修订情况则关注较少，虽然在部分基础教育综合督导检查中不乏涉及学校章程建设情况的，但是中小学校可提供给教育行政部门检查的也就只有章程文本和章程核准书。此外，学校主动向教师、家长、社会大众等公开学校章程的意识较弱，难以发挥学校利益相关者参与学校章程建设、监督章程运行的共同推动作用，难以推动学校治理方式的良性变革。