与欧美国家相比，中国对碳排放的关注相对较晚，低碳经济的概念引入较晚，碳审计则在后期进行。目前，仍然缺乏对社会和学术界公认的碳审计理论的全面审查。大多数公众忽视了对环境的保护，环保意识和能源危机意识也相对薄弱。企业和个人对低碳概念的认识都很低。许多审计师都不了解开展碳审计的重要性。碳审计在我国的发展还需要经历很长的时间，现如今我国对于碳审计的研究也有限，仍处于探索阶段，主要存在以下问题：

（一）我国碳审计监管模式存在问题

我国的碳审计工作始于2014年，由地方发展与改革委员会 负责组织、选派和管理第三方机构对企业的碳排放信息进行审查。由于碳审计的开发时间短，没有形成行业组织进行外部监测的机制。发展和改革委员会作为中国碳审计的主要监督机构，是以环境专业理论和碳审计的实际运作为基础的。独立和独立碳审计行业自律组织之间存在一定差距。发展与改革委员会在对碳审计信息进行抽查、复查时，往往会委托其他审计机构进行核查，对审计资质的评定也缺乏相关经验，监管工作的可靠性受到了质疑。另外，被委托的第三方碳审计机构，往往与政府部门有较高的政治关联度，利益相关性会破坏碳审计的独立性，降低监管工作的效率。因此，发展和改革委员会规范碳排放交易的政府模式可能会导致监管工作缺乏独立性。这可能会导致碳审计报告中的误报和错误陈述，从而降低碳审计报告的可靠性。

（二）碳审计工作的法律依据和缺乏审计评估标准

在中国大陆，低碳仍然是一个新概念。但是，中国尚未完善相应的碳审计法律法规，缺乏低碳审计的科学依据。虽然中国已经建立了环境审计专业委员会，但并未建立一套标准的碳审计的理论体系，也没有为碳审计提供充分合理的审计标准，也还没有形成相对规范的碳审计实施的方法。此外，在进行碳审计时，需要很多部门的协作，比如：环境保护和工商管理等部门。但由于缺乏统一，明确和合理的审计标准，以及健全的碳审计制度，各部门缺乏合作意识，这也在很大程度上增加了部门之间沟通的难度，同时增加了碳审计的成本。在中国，只有香港地区引入了一些科学的碳审计实施方法。

（三）碳审计的完整资料难以获取

因为碳审计涉及的范围相对比较较广，不仅涉及到企业资金方面的审查，还涉及企业相关碳会计方面的信息，会对公司的整体都要进行了解。此外，企业对碳审计缺乏了解，政府在碳审计这方面也没有大力鼓励，所以企业不信任碳会计，还担心通过碳审计会将企业某些商业机密泄露，所以被审计单位极不配合碳审计人员的工作，提供信息不及时、并且隐藏一部分信息，不提供完整的碳审计信息，使得碳审计人员的审计工作受到极大地阻碍，难以获得完整的审计证据。

（四）缺少碳审计的专业人员

碳排放信息的监管与传统财务资金和财务会计信息的监管有很大不同。碳审计需要高度的环境专业性，其内容不仅涉及法律法规，国家政策，它还涉及大量资金和低碳和管理方面的专业知识以及管理知识。审计师需要具备审计理论知识，熟悉环境，生态和其他专业知识。这对碳审核员的质量和能力提出了新的要求。目前，审计人员大多都只具备审计相关的专业知识，而传统的审计人员大多都是对财务、绩效的审计，在审计过程中很少具备碳审计专业知识，对环境学方面的专业知识也相对匮乏，缺乏低碳环保行业的专业技能。缺乏专业的碳审计相关的知识第碳审计工作带来了很多的阻挡，也会大大降低碳审计质量以及审计效率。