1、产权主体不明晰与“转设”政策规定的博弈

独立学院在发展中突破单一的投资模式，实现了投资多元化，相关利益主体也较公办学校和其他民办学校更复杂，各个利益主体在社会主义市场机制的运行下逐渐市场化，也造就了独立学院产权多元化的局面。我国相关政策法规对独立学院的产权制度设计本来不健全、对产权的界定也不明晰，这在一定程度上限制了合理的产权关系。独立学院产权不明晰一方面表现在投资方对独立学院进行资产投入后未能明确其资产的明确所有权，另一方面表现在独立学院投资方对其已出资的财产并不享有法人财产所有权，再者相关法律法规未充分发挥对产权的激励作用，还对独立学院的收益权进行了一定的控制。“独立学院产权不明晰的原因主要在于独立学院在创建初期就使用了母体高校的有形和无形资产，在发展过程中又有不同类型和不同性质的社会资金注入”，其包括社会团体、个人组织等等，这样在多种不同所有制形式的资产融合后使得独立学院的相关利益群体的利益纠纷愈加复杂。

独立学院的产权属性既不属于纯公益性也不属于纯营利性，独立学院在近20年的经营和发展中有较多的主体和非主体因素的干扰，并且随着独立学院的发展，其公益性与营利性的属性更加复杂，产权问题更加突出。产权不明晰使得独立学院各非经营利益相关主体与直接经营主体之间存在权利与义务的不明确和不对等，例如独立学院投资方收益权的不明确导致独立学院资产的使用效率偏低，产权不明晰也使相关利益主体无法产生稳定的利益，强化了独立学院办学过程中的机会主义和寻租行为。最重要的一点是独立学院的资产增值部分的财产分配未明确规定，其终极产权仍然归学校所有，独立学院中的产权纠纷无法避免。国家出台分类管理政策后，独立学院选择营利性或非营利性，都会涉及到对学校资产的分类确权，明晰产权的各方归属，这一点非常重要。

2.投资方与母体学校的博弈

母体学校每年按一定比例收取管理费并不能正确的反映母体学校对独立学院的实际投入，尤其体现在母体学校对独立学院的无形资产投入上，一些内隐的矛盾逐渐暴露出来。一方面在独立学院在拥有独立的法人属性后，投资方与独立学院之间地位的变化使母体学校逐渐失去管理和监督的能力，国家在规定独立学院财产进行独立核算后，母体学校对母体学校的经费投入、分配以及经费使用没有实际上的监督权，由此造成了独立学院投资方与母体学校在信息上的不对称，导致这双方在财产上必然会产生较多的矛盾。另一方面独立学院投资方和母体学校在法律上具有平等性，独立学院在自身法人地位越来越高的同时越来越追求独立学院的自主权，不希望母体学校在对独立学院的招生和收费等方面进行干涉，因此独立学院要进行下一步的转设工作，必须要理清投资方的有限投入和无限回报，以及母体学校的无限投入和有限收益之间复杂的利益纠纷关系。

投资方对独立学院的投资从一开始就存在以资本增值为目的的资本寻利行为，独立学院所有权的不明确间接促进了独立学院投资方追求短期利益的行为，以此为独立学院母体学校埋下了产权的债权和债务等隐患，在独立学院的早期发展过程中，大部分的母体学校依据一定的比例收取固定的管理费用，以及收取一定比例的办学结余，但随着独立学院的发展，投资方与母体高校的利益关系愈加复杂。投资方对独立学院的投资往往都是有限的并且承担着有限的责任，母体高校却是承担着无限责任，随着国家投入的加大，公办高校的办学经费大幅增加，每年获得独立学院的管理费收入在公办高校收入中占到的比例日渐下降，特别是部属的一些大学，这些管理费收入几乎可以忽略不计，但是，由于公办学校要承担学校稳定等责任，在创“双一流”背景下，一些公办学校希望独立学院转设的愿景越来越强烈，甚至是希望国家出台相关的政策，强力推动转设，因此，必须加快推进独立学院的转设的同时理清母体学校与投资方之间的利益关系。也有少数独立学院母体学校不愿意放弃每年高额的管理费收入，希望继续维护原有利益格局，通过漫天作价无形资产价格来阻挠转设，这些都需要国家出台政策来规范。
3、投资方与政府的博弈

独立学院转设的关键因素是实现资产过户，其涉及到多个部门，而当下独立学院转设政策涉及的部门很多，部门之间缺少统筹协调，教育、税务、土地、建设等各个部门在制定和执行相关政策过程中相互掣肘，在这些关键问题上无法协同推进，严重影响独立学院的转设工作。许多独立学院办学时间比较长，情况相对复杂，资产过户要求将所有的资产必须过户到学院的名下，这延缓了独立学院的转设进程。投资方与独立学院在资产过户问题上的利益纠纷众多，现有转设政策迫使投资方需要再投入新的资产以推进独立学院的转设，但这部分追加投资并不会给投资方带来新的收益，所以投资方并不愿意再追加投资。而对于独立学院而言，依据国家相关规定在独立学院成立时，投资方将财产过户到学院，学院拥有法人财产权而不具有收益权，这种从根本上的法人财产权和收益权的不一致，为独立学院转设带来更多的利益纠纷，也是独立学院的转设政策执行的又一大障碍。

独立学院要进行资产过户必须要还存在很多困难，因此投资方除了要支付资产过户所需要的过户费之外，还必须要有新的有形资产的投入。一些独立学院的投资方采用贷款的形式进行新的投入，让独立学院背上了更沉重的资金负担，被迫在独立学院建设发展中尽可能的压缩开支。对于一些办学时间不长的独立学院，其资产过户比较容易，国家通过清查核算，按投资方申请进行过户，但许多独立学院办学时间比较长，情况相对复杂，资产过户要求将所有的资产必须过户到学院的名下，这就加重了投资方对未来的担忧，这些担忧主要表现在：

一方面是投资方对资产过户本身存在一定的抵触情绪，大多数独立学院投资方主要来自企业，投资具有资产寻利性和追求合理回报性，“26号令”的资产过户规定要求实际上将投资转变为捐资办学，因此投资方对独立学院的资产过户相关规定大多持有不理解甚至是抵触的情绪。另外，独立学院进行资产过户之后，投资方原有的资产归属学校所有，现有国家政策规定又没有理清独立学院的实际控制权和剩余索取权，投资方的基本利益没有得到应有的保障，加深了投资方对资产过户的抵触情绪。另一方面独立学院进行资产过户后，过户后的资产既不能抵押和贷款，降低了独立学院资产的流动性。现有的政策法律法规规定独立学院在分类管理选择之前，学校依然属于“非营利”的属性，独立学院名下的资产在性质上类同于公益事业单位的资产，“独立学院资产在独立学院存续期间既不能进行抵押担保也不能进行转让，这使得独立学院想通过贷款方式进行融资的渠道被堵塞”，这在很大程度上影响了独立学院的存续发展或者转设发展。