1、 纳税人分类不够合理

S省对于纳税人的管理，将纳税人分为重点污染源企业和一般污染源企业管理。一方面来说这样分类考虑了纳税人的规模、污染物的排放量和应纳税额的多少，有利于提高对纳税人管理的针对性和效率，降低管理成本，但是从另一方面来看却不够精细化，很容易造成高污染行业中规模小的企业少纳税。其实并不是所有污染排放量大的企业都具备监测条件，很多中小企业不具备这类条件，虽然这部分企业可能不是重点污染源企业，但是所产生的污染也是不能忽视的，应该加强监控。所以只考虑是否是重点污染源企业来对纳税人进行分类是不尽合理的，应该也加强对一般污染源企业或者是没有安装检测设备的企业的监控。在抓重点污染的同时，应更加细化对一般污染源企业的分类，把控好对各行业的风险管理。

2、 税率设置较低，税收优惠不够全面

《环境保护税法》起初实施时为了考虑平稳过渡的问题，在排污费制度上没有做太大变动，在征税时采用从量征税，并且在税率设置上是由国家定了底线，地方上是可以上浮的，因此很多地方都选择了国家定的底线，采用最低标准，S省就是如此。除S省外，我国还有12个省份采用了法定最低税率标准。经过一年来的实施，我们可以看见环境污染情况确实有所改善，而且各省市越来越重视对环境的实时监测，在每年各省的统计年鉴中都有数据统计。但是相比同样实施单一税额标准的北京、天津，S省的税率设置还是比较低的，对纳税人的影响力不够大。

在税收优惠方面，S省按照《环境保护税法》规定的情形对纳税人进行减免税，对符合低浓度排放应税污染物标准的企业进行减税，容易造成只排放低浓度污染物但是大量排放的现象，这样对环境还是有危害的。另外，在当前经济下行压力大的情况下，对从事环保行业或者对环保投入较多的企业没有纳税优惠或者补贴，容易挫伤这部分纳税人的积极性。以往的经济增长并没有考虑环境因素，如今经济下行压力加大，对于环境保护的力度更不能放松。不乏很大一部分企业可能会像以前一样选择节约环境成本去实现自己的盈利，而这部分选择对环保大力投入的企业在承受着巨大的压力的同时也没有受到鼓励。

3. 涉税信息共享机制不够完善

根据环境保护税现行征管机制来看，环保部门会将排污单位的排污许可、污染物排放数据、环境违法和受行政处罚情况等信息定期交给税务机关。税务机关则会将纳税人的纳税申报、税款入库、减免税额等环境保护税涉税信息定期交送给环保部门。在信息共享方面，虽然税务机关与环保部门进行信息共享虽然已经初步形成，但是信息共享方面依旧有很多需要完善的部分。首先信息共享平台没有将双方的数据系统连接起来，并未实现双方信息的实时、公开、透明共享。其次，信息共享平台也尚未形成一个甄别和风险系统，尚不能将税务和环保双方传递的信息进行明确的分类，将数据信息进行分析，并将对易造成风险的信息及时传递给双方；最后是信息共享缺乏问责机制，在涉税信息共享出错时，信息共享系统尚且不能判断是哪方的问题。

4、 环保部门和税务机关的配合有待加强

环境保护税的征收过程中环保部门主要的工作是定期向税务机关传递涉税数据，其中包括对纳税人所安装的在线自动监测设备所监测的在线数据。环保部门负责按月将涉税信息移交给税务机关，税务机关将其与纳税人自主申报的排污数据进行对比，最终确定应纳税额。在此过程中会存在环保部门不能在规定时期内将涉税数据传递给税务机关的问题。原因在于环保部门下设的监测设备数量不够多，覆盖面不够广或是环保部门对于纳税人的监测频次较少。纳税人自主申报的排污数据来源主要有两种：一是属于重点排污单位的纳税人依据其所安装的在线自动监测设备出具的监测数据；二是其他纳税人通过自行监测设备所产生的监测数据。对于这部分安装在线监测设备的纳税人，是由环保部门确定监测频次的，在此过程中从在线设备安装的规模、数量以及监测人员的安排有任何一步出错都会导致向税务机关信息传递延迟，导致纳税人逾期缴纳税款。