1、 对纳税人进行合理分类管理

S省对于纳税人进行分类管理，抓重点污染源企业，兼顾一般污染源企业，却容易忽视高污染行业中的小规模企业，以及一般污染源企业中的小规模企业。可以考虑进一步细化纳税人的分类，完善纳税人信息数据库，对未入库的新增纳税人进行全面排查，保证纳税人信息全部入库，细分制造业、采矿业等行业，加强对食品生产企业、农业的税收管理。在纳税申报平台中为每个行业都设置纳税申报端口，定期对信息有变动的纳税人进行重新分类，对各行业大小企业的每次纳税申报进行记录，根据记录予以评分，并定期披露，以此规范每个行业纳税人的纳税行为。

2、 适当上调税率，完善税收优惠

环境保护税实行“国家定底线，地方可上浮”的动态税额调整机制。最低底线是应税大气污染物每污染当量1.2元，应税水污染物每污染当量1.4元。原则上是让各省根据自身的环境承载力以及污染排放现状上浮适用税额，但是全国31个省中24个省份都选择了单一税率标准，而且所选择的税率标准差距极大。选择单一税率标准的高的有最低标准的10倍，低的只是最低标准，因此各省的环境治理效果也各有不同。虽然税率设置的高低与环境治理的情况并没有直接的联系，但是税率的高低对企业行为的规范程度不同，从而对环境质量的改善起到或大或小的助推作用。环境保护税的开征目的是为了保护环境，不仅是达到环境有所改善，而是不断优化环境，实现经济可持续发展。基于此，建议税率应该适当调整，例如上海、重庆、辽宁、内蒙古、云南都分别选择在环保税开征一到三年内上调税率，既然目的是追求环境质量越来越好，那么S省也可以考虑在环保税开征一到三年内根据本省的具体环境情况考虑上调税率。

根据前文所述S省对于符合国家规定排放浓度低的污染物是予以减税的，充分体现了环境保护税对排放浓度值低污染物纳税人的激励。但是与此同时忽视了对那部分在环保方面投入多的企业进行补贴。对于环保投入较多的企业，可以考虑对其进行考核，分类设定减免税标准。例如，对连续一年以上对环保投入多的企业可以实施一级补贴，应不低于对其他纳税人的减免税标准。另外，对于纯环保企业可以考虑补贴力度高于减免税力度，将这类企业立为行业标杆，推动整个行业保护环境。法律在规定方面很难做到完全公平，既然对排放低浓度值污染物的企业给予关照，那么对其他为环保出力的企业也应给予税收优惠一方面能体现法律的公平公正性，另一方面也是更加完善了环境保护税的税收体系。

3、 完善信息共享平台

信息共享是环境保护税税务征管过程中尤为重要的部分，是税务机关和环保部门合作的前提和基础。环保税开征后，虽然政府已经协助税务机关和环保部门搭建了信息共享平台，但是对于信息共享的具体内容和标准还需进一步完善。为了避免涉税信息传递出现问题，首先可以考虑将税务机关的征税系统与环保部门的数据系统连接。开设一个端口允许税务人员和环保人员用自己的账号登录，方便信息录入和实时共享；其次对于共享信息制定一个统一的标准。对于原始数据录入的范围进行明确的界定，对于信息可利用的程度和可共享的范围进行明确界定；最后要加强维护信息平台，制定一个对信息平台的管理制度，明确双方主体的权利和责任，定期考核平台体系，检验数据信息的共享是否真实、及时，为环境保护税的征收管理打好基础。

4.提高税务机关和环保部门的合作质量和效率

当前环境保护税的征管模式是税务征管、环保监测，在实际征管过程中，二者的合作尤为重要。为了提高双方的合作质量和效率，可以从以几个方面来完善其工作。首先，完全明确双方负责的工作，包括信息传递的具体范围。税务机关和环保部门在征管过程中各司其职，是环境保护税实施的关键之处。可以考虑在《环境保护税法》中加入对税务和环保部门的职责规定，明确自己的职责和义务，划清工作的界限；其次可以建立一个双方工作的绩效考核制度，激发双方为了共同的环境保护而通力合作；最后要加强双方的沟通和交流，尤其是建立互相学习的机制，互相了解双方的工作流程，交流制定同一个工作的标准，从而助推征管工作的顺利开展。

5、 加大对纳税人的培训力度

针对部分纳税人自主申报困难以及纳税遵从度低，提出要加大对纳税人的培训力度。一方面税务机关应该联合环保部门加大纳税培训力度。定期对申报困难的纳税人根据其存在的问题，比如申报程序不明、计税方法不清楚等，定期解惑并指导；另一方面，推广网上电子表单申报。电子申报中带有辅助指导项，助于计算和填报，从而减少出错现象。同时电子申报进入到税务机关的征收系统，更有助于快速办理纳税申报以及涉税信息的共享，助推环境保护税的顺利实施。因此，有必要对纳税人进行培训，并且进一步推广电子申报表单的使用。