清末，近代西方民族国家思想在中国广泛传播，其核心要义为国家由民族组成，“一个民族一个国家。” 因此在历史书写中“民族史”则成为重要内容，尤其是中国民族起源“西来说”的传入，对中国民族史的书写产生了重要的影响。在中国人种、中国文明西来说观念的影响下，革命派和立宪派知识分子开始学习和借鉴西方学者的观点并通过“民族史”的书写来表达其“排满建国”与“合满建国”的思想。其中，章太炎、梁启超、刘师培的“民族史”论著最具影响力。但无论是“排满建国”还是“合满建国”者，在其论著中均涉及到蚩尤与苗族的历史叙事，及其苗蛮部落向南方迁徙的历史，从而也强化了古史传说中英雄人物蚩尤为苗族始祖的历史。

1900年，章太炎在其初刻本《訄书﹒序种姓（上）》中认为，黄帝进入中国时与土著蚩尤战于阪泉，蚩尤战败，宗族被迫南迁。九黎、三苗均为蚩尤后裔，居于彭蠡、洞庭之地。尽管后来章太炎在1914年出版的《检论》一书时，改变了自己的观点，但此前之观点早已甚上尘嚣，影响大众。

1901年，梁启超《中国史叙论》一文在《清议报》上发表，该文在第五节《人种》的叙事中，将苗族视为中国的土著居民，后因汉族的发展，迫使苗族由北向南迁徙，今苗族主要分布于中国西南湘、黔、滇、桂等省，以及越南、老挝、泰国等国家。1905年，梁启超在其《太古及三代载记》一文中，也认为三苗、九黎的首领为蚩尤，自古代就与华夏族有纠葛。《清议报》是晚清时期立宪派所创办的第一份宣传改革的报纸。从梁启超的文中可以看出他对“种”、“族”、“民族”的使用均有涉及，梁启超的民族观对当时乃至后来文化知识界和民众的影响十分深远。

1903年，刘师培在其《中国民族志》一书的第二章，将汉族与苗族的关系总结为三个时代：

第一个时代是“汉苗杂处时代”。上古之世，耕稼未兴，河北土疆荒大不治，故汉族人民由西徂东殖河滨，与苗族杂处；

第二个时代是“汉族增势时代”。黄帝继神农之位，挟战胜余威，经营宇内，时与苗族相战争……黄帝迁徙往来，以师兵为营，涿鹿一战，蚩尤授首。苗族以战败民族弃固有之山河；

第三个时代是“汉族南征时代”。当唐尧之世，疆域直达南交，及北方罹洪水之灾，未遑南顾，而苗族遗民遂立国湘江流域。观吴起言：“昔三苗之居，左彭蠡，右洞庭。”汶水在南，衡山在北，则荆扬南境悉入苗疆，及舜窜三苗于三危，为汉族统治苗族之始。

刘师培的《中国民族志》一书是中国近代史上第一部民族史志专著。刘师培早期的民族观认为，汉族西来，苗族土著，汉民与苗民开始杂居；至黄帝之时，与苗族蚩尤部族交战，苗族战败后被迫南迁；汉族南征时代，苗族遗民在湘江流域建国，汉族进入苗疆地域，双方多以战争的形式进行互动。

通过文本对比可以看出：清末，“苗种”、“苗族”、“汉族”、“华夏民族”等概念、称谓在民族史的叙述中均被使用。然而中国古史典籍中只有“族”、“民”、“种”等称谓，并未见将“民族”二字连缀成词的表达。韩锦春、李毅夫先生认为：“民族”一词在中国的出现和使用是在十九世纪末，一般用于指代外国民族。在谈到中国各民族时,仍将“民”与“族”二字分开使用。二十世纪初“民族”一词主要应用于论述帝国主义侵略、阐发民族独立自主和研究中国民族史和社会发展史的论著之中，才刚刚被普遍使用。清末，“苗种”、“苗族”、“汉族”、“华夏民族”等称谓下的民族与种族概念的使用尚处于混用阶段，并无清晰的界线。既是文化上的表述，也是血缘上的联结。

就蚩尤与苗族的关系，梁启超、刘师培、章太炎均认为苗族为中国土著，蚩尤为苗族先祖，因被西迁的黄帝族所战败，被迫南迁。其论著在内容表达上虽存在着极大的一致性，却代表着不同的阶级利益，背后蕴含了深刻的历史、政治、文化因素及民族国家认同情结。

十九世纪末至二十世纪初，中国经历了帝国主义对华战争的一系列惨败后，面临着空前的民族危机。中国内部掀起了向西方资本主义国家学习先进技术文化的思潮。魏源在《海国图志》中提出“师夷长技以制夷”的思想，严复在《原强》一文，主张学习借鉴西学，探索中国富强之道。洋务运动期间，还翻译出版了大量的西学书籍，如京师同文馆翻译的《化学阐原》、《万国公法》、《法国律例》、《算学课艺》，江南制造局出版的《金石识别》、《求矿指南》等。伴随着资产阶级革命派和立宪派知识分子不断留学发达资本主义国家，使得近代西方民族主义思想逐步传入。外来民族主义思潮的影响，为中华民族史观的形成奠定了思想基础。

梁启超、刘师培、章太炎晚清时期都曾经游学日本，其汉族西来、苗族土著的观点应是受日本学者白河次郎和国府种德《支那文明史》等书的影响。1900年，白河次郎和国府种德在其《支那文明史》一书的第三章《支那民族自西亚细亚来之说》中引介了拉克伯里的中国人种、中华文明西来说学说。

拉克伯里认为：“黄帝率巴克民族进入中国以后，击败了土著蚩尤，土著们部分逃往南方，成为后来的苗族，其余的就变成征服者的奴隶。”拉克伯里的中国人种、文明西来说观点是清末民族史叙述中“汉族西来”、“苗族土著”产生的根本来源。

十八至十九世纪，西方处于世界思想文化主导地位，关于文明起源也认为世界文明均起源于西方，并向四周扩展。拉克伯里将黄帝书写为从巴比伦迁入中国，以及将黄帝与苗族土著首领蚩尤进行战争后导致的苗族战后迁徙并沦为奴隶的叙事，具有主观的目的性。拉克伯里把中国人种（汉族）、中华文明书写为由西方传入，实则是为西方对中国的殖民活动进行的一种合理化辩护：中西同源，中国接受西方统治理所当然。章太炎、梁启超和刘师培在论著中虽采用了拉克伯里的中国人种、文明西来说观点，却是一种选择性继承，其中摒弃了苗族沦为汉族奴隶的叙事。而引用拉克伯里汉族西来说的目的主要是出于政治和文化心理上的需要，为寻找中西方文明之间的内在联系，用共同起源来进行表述，进而获得与世界发达资本主义国家之间的平等地位和认同。

围绕中国土著民族的问题，欧洲的东方学者将蚩尤或“三苗”的传统历史认知作为关键点进行讨论，产生了“汉族由西方迁徙而来之前占据中国内地的先住民族可能是苗族”的“苗族先住说”。将蚩尤书写为中国土著的叙事，实因古史典籍中蚩尤与黄帝之间最早发生战争，两者之间存在着不同程度的对等性。将蚩尤书写为苗族始祖，也源于古史文献中蚩尤、九黎、三苗、苗民的关联叙事。将苗族视为中国土著的叙事，则表明清末苗族作为一个民族已经得到了广泛的认可，并承认其在中国民族发展史上具有重要历史地位及影响。