根据《民法通则》第74条、《物权法》第59条的规定，我国农村集体土地所有权主体和土地所有权行使主体并不一致，土地所有权主体为农民集体，所有权行使主体为农村集体经济组织或村民委员会。然而，农民集体和农村集体经济组织只是一个抽象的概念，在现实只中仅由村民委员会行使农村集体土地所有权。因而，关于上述法律关于农民集体和农村集体经济组织的规定，民法学界有着不同的理解和诠释。有学者认为农民集体和集体经济组织是不同的两个主体，并行不悖，“立法区分‘农民集体’与农村集体经济组织并非制度上的叠床架屋，实质乃基于立法技术之设计，目的在于建构风险控制下的自由市场主体”。有学者否认农民集体的概念，“历史上形成的‘农民集体’准确的说‘集体经济组织’，因为历史上就没有形成过‘农民集体’这种组织。”也有学者否认集体经济组织的概念，“‘集体经济组织’既不是农村集体土地所有权主体，也名存实亡了，不能起到一个‘代表集体形式所有权’的作用了”。而有学者则认为农民集体和集体经济组织为一体两面的关系，“农民集体经济组织与农民集体还一体两面的关系，二者实质上指向同一事物，集体所有权主体”。

我国法律和国家规范性文件对于农村集体土地所有权归属的规定也非常混乱。《民法通则》第74条第1款规定，“劳动群众集体组织的财产属于劳动群众集体所有”，第2款规定，“集体所有的土地依照法律属于村农民集体所有，由村农业生产合作社等农业集体经济组织或者村民委员会经营、管理。已经属于乡（镇）农民集体经济组织所有的，可以属于乡（镇）农民集体所有”。分析后发现，这一条文的内容存在以下不明确之处：首先，劳动群众集体组织对自己的财产享有什么权利？是所有权还是其他财产权？其次，村农业生产合作社等农业集体经济组织之所以经营、管理农村土地，是因为拥有财产权人的身份还是因为享有其他权利？我国《物权法》关于农村土地所有权的规定和《农村土地承包法》土地承包经营权主体的规定也并不统一。《物权法》第59条规定，“农村集体土地属于农民集体成员集体所有；农村集体经济组织或者村民委员会代表集体行使所有权”，而《农村土地承包法》第3条规定“农村土地承包采取农村集体经济组织内部的家庭承包方式”。既然农村土地的所有权主体是农民集体，为何农村集体经济组织的内部承包，而不是农民集体内部承包？除此之外，有学者梳理我国中央和地方的规范性文件后发现，《中共中央国务院关于加大统筹城乡发展力度进一步夯实农业农村发展基础的若干意见》（2010年中央一号文件）、《国土资源部、财政部、农业部关于加快推进农村集体土地确权登记发证工作的通知》（国土资发[2011]60号）、《四川省农村集体资金资产资源规范化管理办法（暂行）》（川农业[2011]214号）将农村集体土地所有权主体认定为农村集体经济组织，而《国土资源部、中央农村工作领导小组办公室、财政部、农业部关于加快推进农村集体土地确权登记发证工作的通知》（国土资发[2011]178号）又将农村集体土地所有权主体认定为农民集体。[5]

学者们认为，上述农村土地所有权主体规定的混乱，是因为我国现行法律规定不科学所导致。高飞教授认为，“我国法律（物权法）规定，农民集体为集体土地所有权主体，但未具体规定集体土地所有权主体行使所有权的组织形式和程序，造成实践中集体土地所有权主体的‘缺位’和集体土地所有权行使主体的‘错位’”，从而主张农村土地所有权主体股份合作制改革。李永军教授认为，农村土地实际上归集体经济组织所有，历史上就没有形成过“农民集体”这种组织。“之所以《物权法》中规定‘农民集体’，是由于在《物权法》立法时，受到了‘左倾主义’的严重影响”。[2]实际上，《民法通则》、《物权法》之所以如此规定农村集体土地所有权主体，是因为当时的特殊历史时期，法律制度供给不足所致。在人民公社时期，农村人民公社是政社合一的组织，是我国社会主义社会在农村中的基层单位，又是我国社会主义政权在农村中的基层单位。农村土地归人民公社生产大队所有。改革开放后，我国广大农村地区实行了家庭责任承包制，人民公社体制解体。1983年，国务院发布《关于实行政社分开建立乡政府的通知》，人民公社的政社功能分开，同时生产大队、生产队的政经功能也分开，由乡镇人民政府和村民委员会行使人民公社时期的政治职权。但人民公社（包括人民公社生产大队和生产队）的生产、分配等经济职能，没有具体机构继受，而是，由乡镇人民政府和村民委员会兼行经济组织的职能。人民公社体制解体后，社会主义集体经济依然存在，但法律关注的重点均集中在农村土地家庭承包制度上，社会主义集体经济组织的制度设计没有得到足够的重视。虽然，1982年的《宪法》规定，集体经济组织具有独立进行经济活动的自主权，但当时的法律没有明确集体经济组织的法律性质和运行规则。在农村地区，除了乡镇人民政府和村民委员会兼行经济职能外，从未存在过机构健全、权能齐全、具备经济职能的集体经济组织。1986年，《民法通则》通过实施。作为改革开放后的第一部民事基本法律，《民法通则》在民事所有权制度中须反映《宪法》的集体所有制关系。因为，当时的法律没有明确农村集体经济组织的性质（法人、非法人团体、合作社法人）、集体经济组织与成员之间的权利义务关系，若《民法通则》规定农村集体土地所有权主体为农村集体经济组织，可能损害广大农民的土地利益。在法律中缺少农村集体所有权归属的组织载体的情况下，《民法通则》则规定农村土地由劳动群众集体所有，虚化了农村集体土地所有权主体，凸显每一位农民在集体中的地位，最大程度地保护了农民个体的土地权利。但是，劳动群众集体是一个抽象的概念，是一定范围的劳动群众的集合，对外不能以民事主体身份参与民事法律关系，对内没有组织机构和成员行权机制等所有权主体不可或缺的核心要素。因此，《民法通则》为劳动群众集体指定了行权代表，即农业集体经济组织或者村民委员会。实际上，《民法通则》规定农村集体经济组织代表行使农民集体的土地所有权是一个伪命题，因为，农村集体经济组织的法律性质不明确、运行机制不健全，权利内容不具体。农村集体经济组织连个对外代表该组织表达意思的法定代表人都没有，怎么能代表行使农民集体的土地所有权？而在现实生活中，代表行使农村集体土地所有权的基本都是村民委员会。即便是一个伪命题，《民法通则》的规定也顺应了“人民公社政企分开”的政策目标。《民法通则》的规定是在当时的历史环境下代表社会发展方向的产物。[7]2006年通过的《物权法》进一步明确了《民法通则》关于农村土地所有权主体的规定，两者的内容没有实质的差别。