编制外用工因他的特殊性，给用人单位带来了便捷性，但也存在一些问题。

（一）未按规定规范签订劳动合同，未完全遵循劳动合同法条例。

事业单位因他的特殊性，管理模式与企业存在很大的不同。事业单位人员有专门的人事管理办法、辞职管理办法、考核管理办法等，早期事业单位人员均不签订合同，自2005年推行聘用制度，事业单位工作人员才陆经签订了聘用合同。事业单位的合同管理流于形式、作用没有得到真正发挥。

劳动合同法，更多适用于企业。对于签订合同的时间、试用期的约定，合同的续签、特别是无固定期限合同的签订，以及补偿金、赔偿金的计算等都进行了详细的约定。而作为事业单位人力资源部门（高校一般为人事处）的工作人员以及单位的领导对这块不够重视，业务上也不那么专业。导致很多高校在与编制外人员签订合同，存在不规范，未完全遵循劳动合同法的现象。如未及时签订劳动合同，对于达到签订无固定期限合同的教职工未及时签订无固定期限合同等。

很多高校的二级单位不存在法人主体，但却作为独立的用人单位与劳动者签订劳动合同，容易导致劳资纠纷，为后期单位人事管理埋下隐患。

（二）很多高校存在同工不同酬问题。

高校编制外用工主要用于补充工勤岗位、行政科研助理岗位，相同相近岗位上编制内和编制外工作人员的待遇往往差别很大，在工资水平、五险一金的缴纳基数等方面，都有很大的差异。目前福建省很多高校编制外人员在工资水平方面远低于编制内人员；少数高校工资待遇与编制内人员一致，但在公积金、医保、社保的缴纳基数方面也存在不同。如医保、社保的缴纳基数多以全省上年度的最低工资标准为基数而非教职工实际收入水平，而这将影响教职工退休后待遇。

直接的待遇存在差异，隐性的待遇更是如此。有些高校大力扶持编制内人员通过培训、进修得到提升，而编制外人员如果考上硕士研究生、博士研究生等则要求该人员辞职。编制外人员缺乏培训进修机会，自身能力得不到提升，缺乏核心竞争力。

（三）未设置晋升通道，人员的稳定性和积极性得不到保证。

高校人员的晋升发展通道，主要有2个方向。一个是职称，一个是职务。职称方面，由于政策因素，原来高校的职称是统一报送到主管部门进行审批，职数都是以上级批复的编制数为依据。在此因素的主导下，很多高校也对编制内人员进行职称的评聘；有些高校出于人性化考虑，对于指标不紧张的初中级职称按一定比例分配给编制外用工人员。随着政策的放宽，从2013年开始，福建省高校实行技术职务聘任制，各高校自主评聘职称，省教育厅、人事行政部门只负责指导监督。这一政策的放开，对于编制外人员是一大利好。原则上他们的职称聘任将不再受到编制的制约，只要达到条件了，就可以在职称方面上一个台阶。而现实中，很多高校出于用工成本等综合因素的考虑，对编制外用工的职称不予评聘，使得编制外人员一直处于最低职称状态或无职称状态。

职务方面，现各高校提拔干部都是以中组部《党政领导干部选拔任用工作条例》为依据，条例中要求不准超职数配备、超机构规格提拔领导干部、超审批权限设置机构配备干部。而职数、机构规格也是上级部门根据学校核进的编制数给出，而编制外干部不在职数范围中，故不具备提拔干部的资格。