随着专业硕士研究生比例的不断扩大，科技活动提升专业硕士研究生思想政治教育面临着越来越多的外界因素的影响和内在条件的制约，并直接影响科技活动实现思想政治教育功能的重要因素。具体如下：

（一）科技活动的融合性不够深刻

科技活动往往是专业性的实践活动，这种实践活动意味着对专业性提出了更高的要求和标准。但这不代表着科技活动只是单一学科的实践性活动，而是多种学科共同结合下的复合性实践，即科技活动是多种学科共同作用下的结果，例如工科、生物科学等多样学科共同结合的成果。当前国家正在不断推进的新工科建设，就是为了实现继承与创新、交叉与融合、协同与共享等方面的功能。因而，研究生在参与科技活动时，就面临着融合性不够的问题：一是学科融合度不足。与其他学科融合性不足带来的问题就是专业硕士研究生更多的是用一种思维去从事科技活动，例如工科生更多地用工科思维思考问题，而缺少了文科生的感性思维和逻辑思考能力。很显然，这不利于思想政治教育功能和作用的发挥。二是与产业的融合性不够。科技活动实现成果转化，这样的实践行为才具有价值和意义。而当前的科研与产于的融合度不高，成果转化还有待进一步提高，会影响研究生自信心。
（二）科技活动的人文性不够凸显

科技活动是一种理性的实践活动，它不带有意识形态的色彩，完全靠感性认识肯定无法创造出好的科技作品。但是，这并不意味着科技活动不需要用一种感性思维去实现科技活动的功能和价值。科技活动作为一种实践行为，需要收到一定的规范和约束，即科技伦理。科技伦理对科技活动的约束，不仅体现在开展科技活动过程中不能够做出有损害他人的行为，而且要求科技产品要遵循人类社会普遍接受的伦理道德，杜绝做出损害人类、损害社会的行为。此外，从某种程度上来说，人文性既有深刻的理性思考，又有深厚的情感魅力，他是一种带有强烈主观色彩的鲜明属性，能够给人带来深刻的思想影响和精神感受。而科技活动的人文性，体现在在从事科技活动过程中，能够给人带来精神上的享受和思想上的愉悦，并且创造出来的科技作品能够给人带来深厚的感染力。唯有如此，科技活动才能内生出思想政治教育的强大功能。

（三）科技活动保障机制不够健全

科技活动的开展不仅仅是需要有效果显著的项目作为支撑，更重要的是，要有一套坚强的保障机制能够充分发挥科技活动载体的思想政治教育功能。保障机制不够健全，意味着科技活动在开展过程中可能面临一系列问题，例如科技活动开展延续性得不到保障，有意愿从事科技活动的学生可能为此望而却步，科技活动开展过程中在队伍、资金等投入力度不够。这些都有可能成为制约科技活动在生成和深化思想政治教育功能造成影响。