自媒体时代正在潜移默化地改变着思想政治教育的客观环境、客体对象、教育过程和教育方式，对高校网络思想政治教育工作带来了新的机遇和挑战。由于网络空间的的开放性、虚拟性、多元性的特点，以及自媒体的“去严肃化”、“去中心化”、“平权化”等特点，使辅导员原有的教育权威地位被逐渐削弱，网络思想政治工作话语权陷入困境之中。
1.自媒体的去中心化特点对辅导员的网络话语权的主体性带来冲击
高校辅导员是大学生思想政治教育的骨干力量，在大学生的思想引领、价值塑造等方面发挥着重要作用。但是，由于自媒体的“去中心化”特点，使网络空间的“中心”含义被不断解构，与“中心”相关的媒介权利被再分配 。在这样的背景下，人人都可以成为信息的制造者和传播者。越来越多的大学生开设了个人微信公众号，在其微信公众号上所发布的信息除了个人思想动态和生活分享之外，也广泛地涉及到关于学校大事、热点新闻、国情社情等方方面面，同时也拥有不在少数的关注度和极高的用户粘性。“网络意见领袖”的规模化发展，使得“网络意见领袖”的话语权逐渐提升，在很大程度上对大学生中的舆论导向产生积极或消极的影响，极大地消解了辅导员网络话语权的主体地位。同时，网络的发展催生了教育主体的多样化，大学生获取信息的途径不仅仅来源于学校和教师，辅导员也不再是大学生获得道德教育和思想教育的唯一途径。虽然目前很多高校已经建立了官方微信公众号，但总体来看其影响力和传播效果还非常有限。与大学生关注度较高的其他公众号相比，高校官方微信公众号的信息更新较慢、内容形式相对单一，与学生缺乏灵活的互动性，在大学生思想引领和思想政治教育方面的效果还有待加强。由此可见，在诸多因素的影响下，高校辅导员的网络话语权的主体地位受到冲击。
2.自媒体的去严肃化特点使辅导员的网络话语权的有效性逐渐削弱
自媒体有具有超文本的传播特征，大学生可以通过文字、语音、表情包等方式进行沟通，斗图也成为“95后”大学生时下流行的交流方式，有时甚至能够达到“此时无声胜有声”的效果。而自媒体上的话语模式也十分具有“95后”的特点，网络语言、流行词汇的使用频率极高，且新鲜词汇、老词新解的情况层出不穷，这些“去严肃化”的特点使辅导员传统思想政治教育工作模式和网络话语权的有效性大大降低，也对辅导员的知识更新换代的速度提出挑战。同时，由于网络空间的开放性和多元性，大学生能够自主地选择关注或被关注的自媒体对象，也能够自由调整朋友圈开放或屏蔽的对象，这种基于互相信息基础之上而形成的关系网极易形成闭环，而一旦辅导员不在这个闭环之中，其发布的时事政治、主流价值观、职业学业指导等相关内容将很难覆盖和影响到所有学生，辅导员的网络话语权的有效性会大打折扣。
3.自媒体的反权威性特点使辅导员的网络话语权的权威性受到挑战
传统思想政治教育中，辅导员的话语对学生具有绝对的权威性，能够达到令行禁止的效果，可以说在传统思想政治教育模式中，辅导员和学生是处于一种自上而下的关系，大多数时候学生是信息和教育的接受者和服从者。但在自媒体时代的背景下，大学生和辅导员的关系发生了变化，更多时候两者的交流是建立在平等沟通的基础之上，自媒体的开放性和虚拟性使大学生能够及时全面地通过同种途径获取信息，甚至是制造和传播信息，这使辅导员网络话语权中的信息优先权逐渐丧失，话语权威受到现实挑战。同时，由于自媒体具有及时性和多元化的特点，它作为网络信息的传播平台，实际上也成为了各方势力争夺话语权的舆论场地。大学生正处于价值观形成和确立的关键时期，但是历史虚无主义、拜金主义、享乐主义、新自由主义等各种错误思潮经过包装在网络平台进行传播，对大学生形成了极大的迷惑和危害。如何有效地监管到这些错误思潮的传播，避免对大学生思想的侵蚀和错误舆论导向的形成，发挥辅导员网络话语权的权威性，积极传播主流价值观，成为辅导员在自媒体时代下面临的又一挑战。