1.双体系

新政府会计制度完善了报表体系，事业单位不仅要编制财务会计报表，还要编制预算会计报表。财务会计报表包括资产负债表、收入费用表、净资产变动表和现金流量表。预算会计报表包括预算收入支出表，预算结转结余变动表和财政拨款预算收入支出表。其中各单位可以根据实际情况选择编制现金流量表。报表结构的完善增加了事业单位会计信息透明性、完整性，扩大了会计信息的披露范围。

2.双基础

财务部在事业单位会计改革中引入了权责发生制。其中，财务会计报告以权责发生制为编制基础，预算会计报告以收付实现制为编制基础。在社会主义市场经济体制下，我国大多数的企业采用的会计编制是权责发生制，它能够准确地反映受托责任的转移。[]收付实现制的会计核算比较简单粗暴，这给政府部门进行内部审计带来了许多的问题。[]收付实现制下内部审计工作关注的重点是被审计单位预算执行的真实性、合法性等，无法对被审计单位资产的运行情况和被审计单位的效益，使得审计工作往往无法获得充分有效的审计证据，审计部门形同虚设，作用不大，而政府内审的工作往往流于形式，浅尝辄止。

3.双分录

事业会计改革中的核算方法改进为“双分录”，即对行政事业单位发生的资产、负债等经济业务采用权责发生制，对收入、支出等经济业务采用收付实现制。如果一笔业务同时涉及收入、支出和非货币资产和负债变化的，则采用“双分录”分别进行核算。新会计制度要求企业的会计核算兼具财务核算和预算核算的功能，要求会计信息反映财务信息和预算执行信息。

4.统一现行各单位会计制度

《政府会计制度》与《事业单位会计制度》相比，从会计核算基础、会计目标和会计科目设置等方面发生了巨大的变化。为了确保各级各类事业单位会计工作有序开展，财务部针对原9项事业单位的会计科目和分录调整做出了指导和说明。同时，对于收入和费用的确认统一会计制度使得事业单位的会计工作更加规范化，会计工作更具有可比性。