政府内部审计需要反映被审计各单位的受托责任的履行，审计人员需要对被审计单位的资金收支状况和绩效进行审计，以会计工作的成果为主要依据。但是事业单位会计制度的会计计量方式、报表模式等都存在不足，无法满足实际审计工作的需要，影响了审计效果，从而提升了审计风险。政府内部审计的问题主要来源于两个方面：

1.事业单位会计制度的不足

收付实现制下无法真实地反映事业单位当期的收入和成本，常常出现收入和支出不配比的情况。由于一些不属于当期的会计收入和支出在当期法神，因此会计期间前后具有不可比性。例如，事业单位购入固定资产，支出的确认就是实际支出，而不去核算实际损耗和折旧。这些不足降低了事业单位财务报告的真实性，增加了政府内部审计的难度。我国行政事业单位的经济业务中往往存在大量的内部拨款、内部筹、投资和交易往来，而且也无法进行简单的抵销，会计业务不能得到详细有效的记录。事业单位为了核算简单，可能会简化会计记录的流程，影响了政府内部审计获得充分有效的审计证据。

2.政府内部审计部门的重要性不够

我国事业单位中，政府内部审计部门的设置主要存在三种情况。事业单位设置有内部审计部门；事业单位没有设置审计部门，但是由上级机关、其他监管机构发挥着审计部门的作用；由财务部门兼任等。第一种和第三种情况下的审计部门，它开展审计工作时独立性和权威性会受到影响，无法客观公正地评价被审计单位的工作情况。第二种情况下的审计部门，专业性无法得到保证，也可能因开展审计工作的动机不同，无法全面完整地进行审计。

政府内部审计的审计范围有限性也遏制了内部审计的发展。审计范围的有限性限制了其作用，由于审计工作无法发挥应有的作用，只能使得政府内部审计部门进一步沦落为边缘化的部门。在法律法规体制不够完善，政府和事业单位对会计核算的认识不够深入的情况下，使得内部审计部门只能发挥有限的监督作用。随着我国行政事业单位会计制度的改革，审计工作的范围也会进一步扩大，审计部门的重要性也可以进一步提升。