1.财务审计基础的扩大

双体系、双基础和双分录不仅需要反映财务状况，还需要提供决算报告披露事业单位的预算执行信息，这些变革增加了会计信息披露的内容，扩大了会计核算的范围，让内部审计人员可以获得更多充分有效的审计证据，为评估被审计单位资金收支的真实性、合法性提供可靠的基础，增加了政府内部审计的可靠性。

2.绩效审计的强化

事业单位会计改革吸引了许多学者将目光投向预算管理领域，促进了我国行政事业单位职能的转变。财政管理目标从预算平衡逐渐扩展到管理单位资产、控制行政成本、提升运行效率和促进资产可持续发展等更复杂多样的目标。当行政事业单位的财务目标强化资产管理和履行绩效的职能，政府内部审计部门的审计工作也应该深化对经营效益的评价。[]预算绩效的审计对健全我国行政事业单位的预算控制和财务管理体系具有良好作用，是评价事业单位是否履行经济托管责任，是否有效提高财政资金管理使用经济效益的有效手段，政府内部审计应该促进事业单位财务审计和绩效审计工作的有效开展。

3.经济责任审计的深化

事业单位的经营活动常常承担着一定的社会经济责任，承担着社会公众对于公共管理责任的期待和关注。[]事业单位会计改革要求负责人对任职单位的财务管理和绩效管理的结果负责，要求负责人接受政府审计部门对其经济责任的审计。虽然目前我国的会计改革的进程还没有完全深入，但是随着法律法规体制的完善，政府内部审计对于事业单位负责人的审计制度必然将建立起来。

4.审计风险的增加

事业单位会计改革也伴随而来了一些审计风险。这些风险主要来源于对审计人员专业胜任能力的不确定。行政事业单位会计改革的范围广、内容大，对于财务基础不够扎实，或者观点陈旧的审计人员来说，短时间内无法消化这么多的知识，更别提开展审计工作检验事业单位财务工作的真实性和合法性。事业单位会计改革增加了审计工作的内容和难度，短时间内可能会导致审计风险的增加。