自健康扶贫工程实施以来，我国已有581万因病致贫返贫户实现脱贫 ，但健康风险对贫困人口致贫的消极因素并没有完全消除，健康扶贫工程的短期成效及扶贫效果的可持续性面临挑战。国内学者对健康扶贫实施困境的研究可以概括为参与主体能力、制度体系功能、政策执行过程等视角。
从治理范式来看，学者普遍认为横向协同失效以及主体能力不足造成了健康扶贫实施困境。基于新的健康治理范式，以翟绍果（2018）为代表的学者提出了健康扶贫的协同治理逻辑框架，姜洁（2017）也提出“三级一体协同联动”的精准健康扶贫治理模式 ，强调政府、市场主体、社会组织及个体的在健康扶贫推行过程中的多元参与。但是，健康扶贫的项目运转涉及到以卫健委、扶贫办、财政局、医保管理中心等多个部门的横向合作，基层政府部门间的利益纠纷反向削弱了健康扶贫的公共价值，权责碎片化使得协同治理难以落实 ；在纵向上，（推行层）基层政府能力的有限性、（转接层）基层医疗机构服务能力的缺陷 以及（承接层）现实中个体参与能力的不足 阻碍了有限健康资源的整合，各级医疗机构间的利益纠纷多过资源共享与联动合作，导致扶贫效果不显著。
从制度范式来看，以王高玲、叶天瑜（2018）为代表的学者提出健康扶贫的制度性治理逻辑，而当前健康扶贫困境出现主要原因是相关制度规范的缺位。学者认为，针对多部门的综合管理制度、引导共同参与的激励制度以及监督约束制度、医保政策体系的衔接制度等一系列制度安排是保证健康扶贫工作顺利实施的前提。陈菊（2018）也认为以医保衔接制度、监管制度、考核约束制度为主要内容的常规制度供给是健康扶贫可持续的长效保障。
从政策范式来看，政策异化是学者普遍认同的健康扶贫实施困境的原因。健康扶贫是包含综合医疗保障体系、基本医疗服务体系、公共卫生服务体系以及基本医疗机构体系为主要内容的政策体系，每个目标体系又细分多个二级政策，学者多以某一项政策目标为对象，探究二级政策异化对健康扶贫成果的负面影响。例如，在基层医疗机构网络体系建设方面，以高和荣（2017）、黄国武、仇雨临（2018）为代表的学者深入研究了贫困区分级诊疗制度的执行异化，认为双向转诊的失败无法完成对现有医疗资源的高效配置；在综合医疗保障体系建设方面，医保体系的非精准化服务 以及保障的不可持续性 是现阶段贫困区医疗保障体系的发展瓶颈，成为影响贫困区与贫困户“因病返贫”的风险因素。
学界对于健康扶贫的研究，微观层面多从社会保障、医疗经济视角，也有的学者从综合内容的角度从宏观层面分析政策实施困境与路径优化。通过文献梳理发现，从王高玲开始，治理的思维被逐渐运用到健康扶贫的路径优化研究，包括制度治理、健康治理、卫生治理等，成为健康扶贫研究新的视角选择。