高校实验室是培养高质量人才、进行高水平科学研究的重要阵地，实验室运行机制和管理水平直接影响到学校的办学水平。目前，新建本科院校实验室运行中普遍存在一些不合理的因素，导致实验室运行效益不高，归纳起来主要包括以下几个方面：
(一)实验室定位不清晰。考虑到与其它高校存在较大差距的现实及实验室对高校教学的重要性，很多新建本科院校投入了很多资源进行实验室建设，但是由于定位不清晰，很多资源的投入相对不均衡，部分实验室的定位频繁修改，这更加加剧了资源投入的不均衡，从而导致实验室的整体运行效率不高。
(二)实验教学安排机制不合理。目前，“应用型”人才培养理念在很多新建本科院校受到了广泛关注，但是对于如何培养好“应用型”人才，很多高校都处于探索阶段，普遍存在着通过实践教学培养学生创新能力手段单一的问题。此外，由于新建本科院校大多远离经济中心，很多专业设置与地方发展脱钩，造成高校的学生培养成为“孤岛”，没能与地方发展互相促进，这些都客观上造成实验室设备需求增加且负荷不均。
(三)对实验室的需求不足。相较其它本科院校，新建本科院校在师资、资源等方面大多存在不足，很多学校专业规模不大、专业比较分散，在培养学生动手能力方面存在方法不多、创新手段有限的问题，此外，新建本科院校教师科研的层次和数量普遍不高，这些都不利于实验室效益的提高。
(四)实验人才培养不满足实际需求。相对于实验人才的培养，实验室硬件建设相对较快且易于见到成效，因此很多新建本科院校在实验室建设中存在重硬件建设，轻人才建设的弊端，实验室管理人员数量不足，实验人员结构和素质不能满足教学和科研的需要，缺乏相应的激励机制，这些都严重制约了实验室效益的发挥。
(五)实验室运行机制落后。许多新建本科院校大多在原有基础上进行了大规模设备更新，在规模上和服务对象上都有较大改变，而很多高校还保留着以前的那种带有计划经济色彩的落后的管理制度和方法。此外，硬件建设的爆发式增长客观上增加了管理制度上改革的难度，经常“一紧即死，一松就乱”，这些都影响了实验室使用效益的提高。
(六)对外开放不足。由于缺乏有效的管理体制以及存在需要解决实验室开放期间出现损毁等问题的成熟的处理方法，出于怕“担责”及“开放”激励机制的缺失等原因，很多实验室管理者缺乏“主动开放”实验室的意愿和动力，从而制约了实验室的对外开放规模的扩大，这不仅不利于实验室效益的提高，也不利于实验室的良性发展。