（一）开展绩效评价流于形式,原始数据的收集不足
目前许多学校仅对财政专项资金进行绩效评价。开展绩效评价工作主观能动性不强，多根据上级部门提供的模板来进行，没有设立适合本校特性的绩效目标。[2]由于日常没有做好绩效目标的数据收集工作，也使得绩效评价结果缺乏可信度。
（二）绩效目标的设立没有突出重点，避重就轻
许多学校对于绩效目标多由项目执行部门自行编制，编制者倾向于设立易达标、易完成的目标，使本该突出监控的指标却没有列入绩效目标体系。财务部门并不具备所有的经济业务的专业知识，日常由于忙于会计核算的视角，站位高度不够，对绩效目标的测定和标准等也不能进行有效论证。
（三）绩效目标管理并未建立在成本管理基础之上
在现有的收付实现制度下，高校财务报表并不能真实体现经营绩效和成本核算，人工成本、基础公共设施成本分摊核算的缺失，使得绩效评价多数反映的是产出的成果，而无法真实地反映出投入与产出的效益关系。
（四）绩效目标的设立未能与长远的学校发展规划相结合
绩效目标设立不够宏观长远，学校的中长期发展规划也未具体细化，落到实处，使得绩效目标和长期规划两张皮，高职院校普遍缺乏一个战略规划部门或绩效评价中心来负责绩效目标管理和评价，能针对学校的战略规划对绩效目标进行论证及规划，真正使预算绩效目标整体化，长远化。
（五）绩效评价标准不合理，不科学
由于许多学校对绩效评价标准的设置把关不严，导致相似的、同类型的项目的绩效指标不统一，绩效目标设立不全面，达成绩效目标的要求有高有低。在结果评价过程中往往只针对其目标设立的完成情况，缺乏项目间的横向性比较，评价结果的公允性有所不足。
（六）绩效评价的结果运用不够
不少学校绩效评价结束后，绩效激励约束作用不强，绩效评价结果与预算安排和政策调整的挂钩机制尚未建立，也没有建立奖惩激励机制。[3]这与《中共中央 国务院关于全面实施绩效目标管理的意见》的精神所要求的：“项目责任人对项目预算绩效负责”“对重大项目的责任人实行绩效终身责任追究制”“切实做到花钱必问效、无效必问责。”尚有一段差距。
