教科研管理部门承担着区县域的教育科研规划、课题研究指导以及优秀科研成果推广等职责。科研管理重在规范，科研指导重在引领。区域教育科研管理与指导并不是截然分开的，二者当融为一体，科研管理与指导的“三分三现”模式也是一个整体。
该区教研机构工作目标就是要实现区域教育科研管理与指导的转型，推动区域教育科研的发展。“中小学教育科研转型是指从教育科研管理部门的指导转向一线学校（教师）科研服务指导，力求学校（教师）的科研意识觉醒，科研服务自觉，平台多样等”。“着力从单向的任务驱动式管理向双向的专业指导转型，把整个管理过程通过专业服务来统领，以有效地专业服务来优化科研管理。”因此，该区教研机构不断创新科研管理的方式，完善科研管理制度，提升科研指导服务质量。
1.建立课题培育的工作机制。一是已经申报的课题培育。将申报但未立项的课题交给相关人员，提前进行集体备课，为每个课题从“亮点”和“建议”两个方面写课题评语，由课题负责人阅读，再在此基础上进行面对面的交流和沟通，不断修改完善申报材料。二是尚未成型的课题培育。部分学校或者教师个人想做课题但不知怎么做，派出科研人员深入学校开展问卷调查、访谈，发现关键问题，遴选研究主题，提出研究思路，帮助学校或者个人完成申报材料的撰写。课题培育工作，立足于教学实际，极大地提高了研究指导的效益。
2.构建教科研一体化制度。教科研一体化就是将常规教研、科研、校本培训融为一体。该区教研机构落实学科教研员负责本学科课题研究全过程的指导，将教学视导与科研视导结合起来，将教研活动和课题研讨、成果推广结合起来。实验学校也将科研活动和常规教研结合，以课题研究为导向，以案例研究为契机，以科研带动教研，以教研促进科研，真正做到教学出问题，科研出办法，成果进课堂。
3.创设了课题验收实践课。课题实践课是课题研究的一种实证和应用形式，是课题研究中的研究活动，创设课题实践课，是该项目的着力点。开展课题研究实践课，邀请相关专家组成研讨小组，针对课题研究的主题、研究的成果与学校课题组进行充分交流与沟通，让课题研究真正为教育教学实践服务。有很多上课教师都将研讨活动写成书面文章进行反馈，让“研究与课堂是一张皮”的认识深入人心。
4.构建了重庆市B区教育科研管理指导框架和指标体系。建立了B区教研机构科研管理平台，试用积分的办法进行管理，用互联网+的方式进行交流、服务和监管，逐步实现全程网络化管理，将课题研究过程管理由单一的检查转变为以提供服务为主。制作了《各类课题结题资料初检表》，分为开、结题资料、过程资料、成果资料、整改意见、初检结论五方面，严把结题关。按照课题结题评分标准分流出课题评审结果。把结题现场会变为课题研究成果推广会，组织附近学校参加。拟定了课题立项考核细则、过程管理办法、课题实践课评分标准、课题结项考核细则、课题成果推广办法，各项指标体系覆盖了课题研究的全过程，每个指标体系制定了相应的硬化标准，操作简便易行。运用这些指标体系可以发挥其导向功能，引导课题研究人员按照指标体系找差距、补短板，也可以运用指标体系，对课题研究进行综合评价和动态监测，便于进一步调整相应管理和指导措施。