1.名师工作室建设理念落后。校名师工作室的建设与教研组、备课组混为一谈，名师工作室甚至是专业教研组或备课组的另外一个名称而已，工作室成员没有共同愿景和理念作为引导，工作室一些活动是在学校的安排下进行的，组织行政化意图明显，不是很符合教师发展需求，这就使校名师工作室的功能和成效大打折扣。
2.校名师工作室文化内涵缺失。名师工作室对自身的职能定位模糊。还普遍存在团队文化建设落后，工作室成员更多的时候是独立进行教学，成员相互之间缺乏沟通和交流，缺乏认同感。因而在没有形成很好的团队合作文化的情况下。工作室负责人很难对工作室成员起到有效的指导、引领以及培养等作用。
3.个人成长与工作室发展步调不统一 。多数教师加入名师工作室，主要是获取向名师们的指导，使自己在教学、科研、技能等方面取得进步。但是名师工作室的活动一般以学期为单位进行系统化的进行组织，有的活动内容单一、有的活动随意应付了事或是内容过于形式化，不能与成员的个人成长需求很好地相吻合，使个人成长与团队发展的协同性较差。
4.工作室运作机制不顺畅。机制保障是名师工作室顺畅运行的基石。然而许多校级名师工作室在建设之初，没有确立明确的目标机制、运行机制、评价机制以等，导致工作室运行过程中制度保障不畅，评价手段单一，激励机制缺乏，严重影响了工作室成员学员的参与热情和潜力发挥，制约了工作室各项工作的顺利运行和运行效果。
5.工作室活动开展与成果积累较少。就目前多数校级层面的名师工作室的情况而言，学校在政策和经费方面的支出较少，开展活动较少且比较单一，往往是与教育部门教研活动，或是省市名师工作室活动混合在一起，独立性差，教研活动的形式化倾向严重，活动的主题不明确、内容空洞，活动内容趋向于事物化，很多教师反映教研活动对其专业成长收获不大，工作室辐射效果差、成果积累少。