尽管目前将红色文化融入思政教育的进程明显加快，但在根本来看，融合发展的这一过程是缓慢的，在过程中也存在一些阻碍。
1.资源良莠不齐，吸引力不足
吉林省的红色旅游资源虽数量充足，却难以保持较高的资源质量，其根本原因是开发和保护不到位。从历史角度来看，吉林省的红色资源多是东北抗联时期遗留的。随着时间的推移，缺少维护的文化遗迹出现自然损伤，且特殊历史时期存在蓄意破坏现象，加之吉林省东中部山区或村落地理位置特殊，交通不便，长时间缺少应有的关注，因此目前的历史价值和教育意义已经大打折扣。在这种情况下，无论是对于普通游客的一般游览需要，还是本文所强调的教育意义，都大不如从前，吸引力远不如其他地区知名度较高的红色遗迹。另一方面，展览馆和博物馆作为红色文化最直接的承载体，也存在着发展不平衡的问题，目前有关红色历史文化的高标准博物馆仅伪满皇宫博物院一家（AAAAA级），更多的历史文化展馆因展品质量、地理位置、配套设施等客观因素制约并不被大众所认可，更无法成为高校思政教育的第二课堂。
2.教材关联不强，研究不深入
以与红色文化关联最密切的《中国近现代史纲要》（2018年修订版）为例，本书以中国近现代历史为主线，引导学生了解“四个选择”。作为高等教育统一教材，其内容取材具有很强的一般性与共通性，并立足于国家整体视角。虽然在文本中数次涉及东北抗联历史却鲜有对吉林省民族抗争的系统描述。如果意欲将吉林省红色文化与思政教育相结合，就必须深度挖掘目前课程设置中与本地历史文化相契合的交点。而目前一线教师在授课过程中大多未能对课本进行深入挖掘，对更好的结合本地历史文化的研究缺乏深入探讨，使得吉林省的红色文化在高校传播和发展中出现一定阻碍，大学生对红色文化的理解往往只停留在表层。
3.精神认同缺失，接受不顺畅
21世纪以来，中国特色社会主义进入快速发展阶段，物质生活在短时间内得到极大丰富，而精神层面的需求却时常被人们忽视，愈发滞后于物质生活。目前，我国大学生群体主要为世纪之交诞生的年轻群体，思维观念较以往发生重大变化。尽管在此前的教育阶段也有过多种形式的教育，却普遍未能达到良好的效果，对生活中红色文化与红色精神的感知和了解相较以往出现大幅下降，对红色文化的求知欲望也并不突出。基于此，长久缺失红色文化滋养的学生一旦接触到红色文化背景下的思政教育时，会自然出现抵触情绪，与红色文化相结合的思政教育就很难顺利推进。