（一）经济方面
1.乡村经济薄弱，发展后劲相对不足
目前，大多数农村产业发展没有形成规模，因此经济基础较为薄弱，大多数农村居民的收入来源还是以传统的农业种植养殖为主。有能力的农村青壮年劳动力大都选择外出务工，因而从事农业生产的劳动人口严重不足，有朝着“空心村”发展的趋势，并且农村留下的老人、妇女和小孩，普遍缺少文化知识、有技术的人才作为农民发家致富的带头人。而随着城镇化进程的继续推进，这一情况可能还会延续。
虽然我们已经实施了乡村振兴计划，鼓励企业进驻乡村，为乡村带去技术、就业岗位和发展理念，但这并不是一朝一夕的工程，在很长的一段时间内，农村的经济仍将落后于城市，这就意味着美丽乡村建设的经费，一大部分仍然需要国家财政的支持。
2.基础设施不完善并缺少相关管护机制，导致资源的浪费
改革开放以来，我国农村管理与经营机制发生了深刻变化。新、旧两种体制机制之间以及国家、集体和受益农户三方责任如何划分缺乏明确的规定，导致基础设施的建、管、用相脱节，管理维护主体缺位的现象频发。同时，也在不同程度存在着重视建设、轻视管理的现象。环保部门建设的基础设施在乡镇经济基础薄弱的情况下，呈现出有人建、无人管的状况，导致国家投资的浪费。
此外，农村的学校、医院等基础配套并不是很完善，城市里的学校和医院由于资金充足，对农村造成了强大的虹吸效应，导致农村的就医和就学条件堪忧，严重影响了农村的生活质量和未来发展，成为了拖累美丽乡村建设的重要因素。
（二）生态方面
目前，农村的生态问题日益显现，成为了美丽乡村建设的重要阻碍。首先，农村普遍存在着对土地资源的过度开发，一方面，许多山林被开垦成农田，导致了水土流失和生态失衡，另一方面，为了增产过度的使用了化肥和农药，使得土地质量下降，也同时影响了地下水的安全。其次，农村普遍存在着垃圾处理的难题，由于农村垃圾种类复杂，再加上基础设施的不完善，许多垃圾都是随地倾倒，既影响了乡村形象，又导致了环境污染。另外，许多乡镇企业只顾经济效益，没有做好污染物排放治理工作，严重污染了空气和水源，给未来的治理带来了极大的挑战。而因为农村的环保意识水平不高，又缺乏生态保护的现实利益，“少数人治理，多数人污染”的现象仍然十分普遍，农村的生态文明建设有待全面加速开展。
（三）人文方面
农村居民是美丽乡村建设的主体，要提升乡村生态环境，建设美丽乡村，必须要加强农民的思想道德建设，以人文内核支撑乡村生态发展，提高他们建设美丽乡村的意愿和能力。但是，由于农村教育水平相对落后，我国农村的人文建设依旧存在着一些问题。部分农村人口依然存在着较为保守的思想观念，不能理解生态文明理念，有些农民还不能正确处理国家利益与个人利益之间的关系，更强调个人的经济利益，又因为缺乏全面、长远的思考，所以很容易产生破坏生态环境换取金钱的行为，成为美丽乡村建设的重要障碍。
（四）美丽乡村治理机制长效不足、管理不力
“美丽乡村”建设存在前期规划不清、后期动力不足等缺乏长效管理机制的问题。一是部分美丽乡村建设存在大拆大建、千村一面等问题，对美丽乡村建设的理解尚停留在基础设施、乡村建设等表层要求上，没有理解美丽乡村建设的精神内涵。部分乡镇盲目应对上级政策要求，忽视农民需求与乡村特色，大搞“面子工程”，因此存在着许多农村建房规划落后，楼房空置率高的现象，“有新房无新村”问题比较突出，有悖于政策初衷。二是乡村基础设施和农村建房秩序较乱，规划监管不够。挤占道路等公共施设和资源现象较为普遍。只管建，不管维护的思想需要改变，必须通过长时间的引导，才能让农民适应美丽乡村建设的需要。三是社区基础设施建设尚不完善。公共服务设施差，文化产业落后，文化生活贫乏。四是长效管理机制缺失，许多招商引资、生态改建做完了就不在关注了，导致许多项目的建设最后偏离了轨道，而且缺乏奖惩机制，不能从村长一级实现责任制，使得上令下行的执行出现折扣。