高校思想政治理论课是青年学生学习马克思主义理论的主渠道，是破除“普世价值”思潮的关键课程。面对“普世价值”思潮的强势渗透，高校思想政治理论课仍存在着一些亟需解决的问题。
（一）一些青年学生存在价值迷茫
西方资本主义国家凭借经济、政治、文化上的优势，借助互联网平台、学术交流和突出社会问题等途径，对高校青年学生进行无孔不入的“普世价值”思潮渗透，使一些青年学生存在价值迷茫，信仰缺失，理想信念淡薄等问题。“洁洁良”事件、“杨舒平”事件尤为典型。西方资本主义国家借用我国发展中出现的一些社会问题，如食品安全问题、生态环境问题、社会道德问题等，歪曲攻击我国的社会主义制度，大肆宣扬我国人民人权和自由问题，趁机兜售“普世价值”，导致一些青年学生政治信仰缺失，理想信念弱化。同时，西方资本主义国家通过学术交流、留学访学等途径，向青年学生介绍西方文化和制度的优越性，扩大“普世价值”的影响力，使青年学生失淡化了社会主义的信念。此外，西方资本主义国家通过部分学科使用的西方理论教材，无声渗透“普世价值”，使西方教材成为“普世价值”的宣传册，从而影响了青年学生对马克思主义的坚定信仰和对社会主义的文化自信。
（二）教师队伍存在数量和质量短板
当前，思想政治理论课教师不管是在数量上，还是在质量上都存在短板。在数量上，一些高校为减少编制名额的使用，未配足专职教师岗位，致使教师数量存在较大缺口，进而出现超大班教学或一人身兼数班教学的现象。这使教师承受着巨大的教学任务，阻碍了教师积极性、主动性、创造性的发挥，影响了课程教学效果。同时，在教师缺口较大的情况下，也只是通过单一的外聘在校研究生或辅导员充当临时课程教师，未形成良好的思政课教师聘用补充机制。在教师的质量上，部分教师存在政治信仰不强，理论水平不高，业务能力不足等问题。有些教师政治信仰不强，不坚守马克思主义立场，针对西方“普世价值”等错误思潮渗透，没有进行旗帜鲜明地抵制和批判。还有些教师盲目崇拜西方制度，在课上公开丑化我国的各种社会制度。有些教师马克思主义理论水平有限，不会灵活运用马克思主义原理方法解释当今社会出现的问题，更别谈传授学生马克思主义原理方法。有些教师在教学上也只是照本宣科，千篇一律，缺乏吸引力和感染力。这会使学生觉得思想政治理论课复杂深奥，晦涩难懂，枯燥无味。最终导致学生缺乏学习兴趣，产生排斥心理。
（三）传统教学方式方法和惯性思维仍未转变
一些高校思想政治理论课的教学方式方法还仅仅停留在传统的照本宣科和知识灌输，惯性思维没有转变，满足不了当下学生的多元化需求。当前高校思想政治理论课的教材内容，尤其《马克思主义基本原理概论》和《中国近现代史纲要》，比较晦涩难懂，结论性较强，过程阐释较少。这就对教学方式方法提出较高的要求。但当前的教学方式方法又非常单一，不够灵活多样，仅仅是知识宣导，没有采用学生喜闻乐见、乐于接受的形式，这就导致课程缺乏吸引力和感染力，让学生觉得课程空洞乏味，乏善可陈，提不起学习兴趣。西方“普世价值”强调个性和自由，以重大事件，热点问题为载体，趁机抹黑我国社会主义制度。而思想政治理论课单一的理论灌输，没有正面回击西方“普世价值”思潮，不能有效解释当前存在的社会问题，这就显得课程教育缺乏说服力和实用性。同时，实践教育不足也是当前高校思想政治理论课教学上的另一问题。学生没有走出去，仅仅停留在课堂教学，没有通过实践深刻感受课程内容的丰富内涵，这最终会导致课程教学成效不足。
（四）一些课程体制机制问题仍未破题
某些高校领导未把思想政治理论课摆在重要位置，课程建设不受重视。一些高校以各种原因缩减课程课时，把应该安排在思政课的课时另作其他专业课使用。或是以社会实践充当课时，且所谓的社会实践没有有效实施，仅仅是学生的自由活动。高校领导没有深入一线课堂，没有带头进课堂给学生讲思政课，没有有效了解学生的思想行为动态。针对受“普世价值”影响较大，思想认识不足，政治信仰不足，理想信念淡薄的学生，没有制定行之有效的纠正机制。在教学管理上，未形成科学的管理体系，未形成集体备课制度，以及夸学科和夸专业的交流研修机制，未制定课程发展的长效机制。在学生评价上，唯分数论，未形成多元化的评价体系。同时，在学科建设、发展规划、人才引进、社会支持上都弱于其他专业课的发展。此外，社会对高校思想政治理论课建设的支持还不够浓厚，未形成学校、家庭、社会的协同推进作用。因为以上种种原因，最终导致思政治课被“边缘化”的现象，处处让步于其他专业课。