在这里我们以我们最关注的高等教育为核心，试图分析少子化对于高等教育的影响。早在22年前，日本文部科学省针对少子化对于高等教育发展的威胁发表过官方文件。提出2000年以后的高等教育要充分考虑高等教育大众化、终生学习型社会的构建、国际化等基础上制定计划。1995年4月、大学教育部会上设立了高等教育未来构想专门委员会。同年11月设立高等教育未来构想部门。在2000年高等教育未来构想部门提出了高等教育发展的诸多问题所在。
在结合官方应对措施和教育学学界学者的忧虑，本章试图分析出少子化对于高等教育主要挑战。
最突出的问题之一是高校生源数量减少,学校生存困难。由于少子化社会的到来，日本教育界现状不容乐观。尤其是处于高等教育低端的地方私立大学已然岌岌可危，面临倒闭的危险。私立大学在人口剧减时期无法招到充足生源，90年代后期“跌破定编”（作者注：日本大学每年都会制定好入学名额，称为定编。）大学不断出现，现在甚至超过大学总数的一半。2000年从女子短期大学改制为4年制大学的立志馆大学，在建校之初设定入学名额众多，但是由于资金不足（日本的私立大学资金主要以学生学费为主），2003年4月开始不再招生。入学学生纷纷退学、转学，最终立志馆大学在没有一位毕业生的前提下倒闭。以立志馆大学为开端，日本私立大学迎来破产时代。由于18岁人口的减少。作为独立法人的私立大学，迈入“私立学校的寒冬”，艰难求生。在日本高等教育中举足轻重的私立大学，如今正直面少子化的严峻考验，究竟私立大学该置于何地、何去何从？这些都亟待解决。
针对于此高等教育界也早有所准备。日本学者坂本幸一曾表示对于保证学生方面，日本私立大学应该准备开启自救模式。未来是考生选择大学的‘卖方市场’，大学要主动去了解学生的真实情况、要求和不满。重要的是提供对学生需要的大学教育。同时，还要积极向社会和考生宣传大学。包括访问高中进行宣传、开放校园等各。其实私立大学以敏锐的感官早已开始有所行动。比如有一些私立大学为取得地区学生，正努力不断推进地区振兴事业。
另一方面高校生源质量下降，会阻碍高等教育发展。学生的质量主要受学龄人口数和入学率两个方面的因素的影响。少子化必然会导致入学人数下降，学生质量的下滑。日本学界也逐渐开始对高校入学学生的“学习能力”产生了质疑。日本高等教育学家天野郁夫在分析日本的大学居高不下的入学率和少子化导致的18岁人口下降的差异后得出结论：这种状况意味着什么呢?正如心理学家所说的那样，智力是呈正态分布的，如果它和学力具有高相关性的话，今后将会有越来越多的智力和学力偏低的人进入大学。而且这不仅仅是在一部分大学中出现的情况，而是在所有的大学都会发生的变化。当然这种现象将不仅存在于私立大学，日本的最高学府——东京大学也不会例外。
除此之外，教育理念的变化，刺激了高等教育机构转型的需求。一个变化是“短期大学女子化”和高等教育女子入学率提高。女性的大学入学率从1960年的2.5%，到1996年的24.6%。这得益于男女平权主义、女性就业意识增强等女性价值观的变化。伴随着少子化的进程，父母承担教育费用的能力提升。新一代父母也有别于二战前，对于女孩子和男孩子享有同样教育的意愿更加强烈。
另外国民在接受高等教育上越来越偏爱4年制大学，日本短期大学陷入危机。在 1993—2000年 ,日本短期大学新入学人数减少了 44. 5 %,同期 , 4年制大学新入学人数反而增加了 8 . 1%, 其结果是短期大学的衰退和 4 年制大学比重上升 。 在日本政府统计高等教育中学生见习占比结果显示，日本短期大学数量也在逐年减少。短期大学和高等专门学校的毛入学率从1975年的11.8%到2004年的8.3%，。20世纪80年代开始，出现远离短期大学的现象。
值得关注的是高等教育财政投入需求会增多。日本生育率下降的原因之一是年轻人生育意愿不抚养孩子需要投入众多精力和金钱。高等教育是国民知识的根基，是国家竞争力的原动力。在少子化时代，大学改革、教育研究质量的提高、充实高等教育迫在眉睫。为了减轻负担孩子学习经济压力，政府将会更加扩大学费减免的范围、奖学金也会进一步覆盖。具体措施如日本政治学家海江田万里提出的2017年开始设立补助金（給付型奨学金）等。其次对于大学改革中央政府和地区政府都要加强财政支持。2013年数据统计，高等教育阶段日本财政生均投入世界排28位。在支持低收入学子就学方面政府财政发挥重大作用。在少子化时代下，2020年后18岁人口将进一步下降。财务省提出，对大学（尤其是私立大学）的整合、改革要加强的财政支出。同时也要分地区考察大学的生存形式。